黑麦(Secale cereale L,2n=2x=14, RR)是普通小麦(Triticum aestivum L.,2n=6x=42, AABBDD)的近缘属植物,是小麦改良的重要外源基因供体。通过小麦与黑麦远缘杂交后代的遗传比较研究,一方面能了解杂种诱导的基因组变化情况,另一方面能了解杂种后代的遗传变异程度,拓展小麦遗传基础。以前的工作中,利用小麦品系D-2-3-4与我国秦岭黑麦杂种自交获得了30份田间性状和亲本D-2-3-4类似、染色体数与普通小麦相同(2n=42)、且不含有黑麦染色体的稳定材料。理论上这些材料的基因组应该与亲本D-2-3-4相同。为了证明这30份材料间的DNA水平是否存在变化,本研究通过44对SSR引物对这些材料进行遗传多样性比较分析,主要研究结果如下：1.19个标记(占19/44=43.1%)扩增出了差异性条带,其变异率范围是3.33-14.29%。其余的25对引物,后代材料与亲本D-2-3-4的扩增条带是一致的,没有差异。2.14份材料扩增出了差异性条带,其总变异率范围在2.27-26.19%之间。剩下的16份材料的扩增条带与亲本D-2-3-4一致,没有差异。3.选取Xwmc361(2B)、Xwmcl68(7A)、Xcfd35(3D)、Xcfd72(1D)、Xwmc511(4B)5对引物进行SSR扩增,从材料ZBY34、ZBY39、ZBY43、ZBY63、ZBY66、ZBY68、 ZBY74中回收与亲本D-2-3-4有差异性的扩增片段进行克隆和测序。结果证实SSR引物揭示的DNA序列发生了变化,重复序列的缺失或插入是导致SSR变异的原因。