当前,我国经济发展已进入升级转型的重要时期,技术创新为推动现代化建设和高质量发展的核心驱动力。新时代坚决打赢关键核心技术攻坚战,创新作为新发展理念必须放在首位,构建国家创新体系中已明确科研机构、高新技术企业等的创新主体地位。科研院所作为科技创新的中坚力量,科学评价科研院所的技术创新效率,有利于优化科研院所技术创新活动的绩效考核指标,为科研院所技术创新绩效提供决策依据,推动科研院所更好地为区域经济发展作出更大贡献。因此,科研院所技术创新效率评价问题是值得深入研究的重要课题。本文以云南省科研院所为例,基于各科研院所科技项目运作数据,对云南科研院所的技术创新效率进行评价。运用文献分析、实例分析、问卷调查等研究方法,构建了云南科研院所技术创新效率评价指标体系,采用DEA方法对2018-2020年42所科研院所的技术创新效率进行了评价分析,提出了提升云南科研院所技术创新效率的对策措施。论文从云南省高校、公益类科研院所、转制科研院所和新型研发机构四个方面,分别构建了科研院所技术创新效率的评价指标。经DEA-CCR/AR模型分析显示,云南大部分高校的技术创新效率水平相对较低,且存在极端差距的情况;公益类科研院所的技术创新效率相对较高,总体中等水平平稳发展,但技术创新效率两级分化较为严重;转制科研院所的技术创新效率处于中等偏上的水平,差异性较小;新型研发机构的技术创新效率处于偏上水平,发展呈逐年上升趋势,但发展不充分。因此,云南省科研院所的技术创新效率整体仅处于中等水平,各科研院所之间的技术创新效率差异明显,进步空间大。针对云南科研院所技术创新效率的现状,本文建议云南科研院所应重点围绕提高公共科研服务质量、优化投入要素和产出要素理念、激发科研人员创新活力和持续优化技术创新环境等方面进行发力。其中,高校、公益类科研院所、转制科研院所和新型研发机构可根据各自实际,制定针对性的公共科研服务质量提升措施;强化优化投入要素和产出要素的理念;加强科研院所的科技奖励管理,采取多种措施激发科研人员创新活力;完善科技成果的转化政策,加强技术创新研究团队的建设,创新产学研合作模式,提高科技成果转化率。本文为提升云南省各类科技专项的项目管理水平提供了理论依据和决策参考。