线粒体基因组因具有独立于核基因组之外的遗传信息,进化速率一般比核基因组快,且对其进行分析研究相对容易,同时在物种进化方面可提供合适的时间尺度,故广泛应用于真菌的分类与鉴定等生物学研究中。羊肚菌因其独特的营养价值及较高的经济价值备受关注,科学合理地保护及利用羊肚菌这一珍贵的野生资源意义重大而深远。到目前为止,羊肚菌属仅有4个物种报道了线粒体基因组。本文以褐坑羊肚菌（Morchella brunnea）CMM1为研究对象,通过高通量测序、NOVOPlasty组装、PCR扩增等方法成功组装出其完整的线粒体基因组,并进行注释分析。选取已报道的羊肚菌属的4个物种,即Morchella conica、Morchella eohespera、Morchella importuna及Morchella crassipes的线粒体基因组序列,与Morchella brunnea就线粒体基因组的基本结构及序列进行比较分析,进而通过最大似然法及贝叶斯法基于14个PCGs基因的氨基酸序列构建系统发育树,进一步确定5个物种之间的亲缘关系。褐坑羊肚菌CMM1的线粒体基因组全长257,290 bp,AT含量为58.96%,包含了常见的14个核心蛋白编码基因（PCGs）、2个核糖体大小亚基基因（rnl&rns）、30个转运RNA基因以及124个基因间区开放阅读框（ORF）。核心蛋白编码基因PCGs中,除cox1基因的起始密码子为TTG外,其余基因均是ATG,14个基因的终止密码子为TAA或TAG;在rnl、cob、cox1、cox3、以及nad5等10个基因中共存在53个内含子。在基因cox1与nad5的内含子中存在序列退化现象。在褐坑羊肚菌线粒体基因组的氨基酸组成中,对亮氨酸（Leu）的使用频率最高,其次为异亮氨酸（Ile）、丝氨酸（Ser）以及苯丙氨酸（Phe）,以上4种氨基酸占比达氨基酸总量的43.44%。将Morchella brunnea与Morchella conica、Morchella eohespera、Morchella importuna以及Morchella crassipes的线粒体基因组组成、基因的顺序等方面进行分析比较,发现5个羊肚菌的线粒体基因组的基本结构及基因排列顺序基本一致。在羊肚菌属目前已有的这5个物种中,Morchella eohespera（Accession No.MT635617）的序列是通过3代测序获得,序列碱基的错误率较高,因此在后续序列比对分析中将其排除。其余4种羊肚菌线粒体基因组在14个核心蛋白编码基因PCGs中,除cox1基因的起始密码子为TTG外,其余基因均是ATG。atp8均存在2个拷贝,nad4L与nad5之间均间隔3个碱基―ATA‖。线粒体基因组越大,所含有的内含子越多。4种羊肚菌的氨基酸使用情况基本一致。由线粒体基因组的基本顺序、内含子插入位点、氨基酸使用情况等方面的分析发现,Morchella brunnea与Morchella conica及Morchella importuna亲缘关系相近,系统发育分析结果也支持此结论。本研究对褐坑羊肚菌线粒体基因组进行了注释分析,并将其与同属已报道线粒体基因组的物种从基因结构、内含子、蛋白编码基因及氨基酸使用情况等方面进行分析比较,丰富了羊肚菌线粒体基因组数据,为真菌的分析和进化研究工作提供数据支持。