胰腺导管腺癌中长链非编码RNA生物信息学分析及lncRNA n407201的预后相关性研究

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长链非编码RNA(long noncoding RNA,lncRNA)是一类超过200核苷酸单位的RNA分子,它们并不具有蛋白编码功能,而是在多种层面上(表观遗传调控、转录调控以及转录后调控等)调控基因的表达水平以及参与疾病的发生发展。近年来研究报道多种肿瘤中存在lncRNA的异常表达,表明其在肿瘤的病理生理过程中可能扮演着重要角色。  为了探索胰腺导管腺癌(Pancreatic Ductal Adenocarcinoma,PDAC)中lncRNA表达谱及其与microRNA、蛋白编码RNA(Messenger RNA,mRNA)间的相互作用,本研究通过基因芯片技术在人PDAC及相应癌旁组织中检测lncRNA、microRNA及mRNA差异表达谱,分析三者间复杂的调控网络,并从中筛选潜在的内源竞争性RNA(competingendogenous RNAs,ceRNA)。此外,通过实时荧光定量聚合酶链式反应(Real-time Quantitative PCR,qRT-PCR)分析27对胰腺导管腺癌及相应癌旁组织中5lncRNA的表达量。同时,应用统计学方法研究lncRNAn407201表达水平与PDAC患者临床病理特征及预后的相关性。  芯片实验数据结果显示,与癌旁组织对比,共有570lncRNAs、47microRNA及1409mRNA在PDAC组织中异常表达(变化倍数≥2,P<0.05,FDR<0.05)。生物信息学分析显示,lncRNA、microRNA及mRNA三者之间存在复杂的调控网络。qRT-PCR结果显示lncRNAn407201在17/27位患者癌组织中表达水平显著上调。此外,lncRNAn407201高表达与肿瘤最大直径、CA199水平呈正相关(P<0.05),而与组织学分化水平呈负相关(P<0.05)。Kaplan-Meier生存分析结果显示lncRNAn407201高表达患者的预后显著差于低表达者,同时Cox比例风险回归模型结果显示n407201高表达是患者预后的独立危险因素。总之,本研究结果表明PDAC发生发展的病理生理过程中存在大量异常表达的lncRNAs,PDAC发生发展中的复杂机制很可能涉及到lncRNA-microRNA-mRNA调控网络。同时,我们的研究发现lncRNAn407201高表达可能是影响胰腺癌患者新预后的一项新危险因素。
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