2017年末中共中央办公厅、国务院办公厅印发的《生态环境损害赔偿制度改革方案》(以下简称《方案》)鼓励“开展赔偿磋商”,但达成的生态环境损害赔偿磋商协议缺乏法律强制力,所以《方案》提出可以就磋商协议向法院申请司法确认。生态环境损害赔偿磋商协议的司法确认,是指当事人双方在磋商基础上达成赔偿协议之后,通过一定的程序确认该协议有效,进而保证其实施的制度。生态环境损害赔偿磋商协议进行司法确认是十分有必要的,首先磋商协议司法确认后具有强制执行的法律效力,其次进行司法确认可以推动磋商活动的开展,再者法院可以通过司法确认把关磋商协议,从而避免损害社会公共利益的隐患,最后相较于诉讼的大量工作,通过司法确认解决纠纷可以节约司法成本。但由于“磋商”与“调解”是两个完全不同的概念,进而生态环境损害赔偿磋商协议和一般调解协议有区别。且我国没有关于生态环境损害赔偿磋商协议司法确认的立法或者司法解释,所以实践中生态环境损害赔偿磋商协议司法确认裁定存在混乱现象,具体有如下急需解决的问题:第一,磋商协议的性质存在争议;第二,磋商过程是否需要第三方组织参与;第三,磋商协议司法确认的管辖法院难以确定;第四,磋商协议司法确认的审查标准存在不足;第五,现行司法确认审查期限短;第六,磋商协议司法确认是否需要公示。通过对“生态环境损害赔偿磋商协议司法确认”相关文献的收集、分析,笔者吸取部分学者的观点,同时根据实践中,贵州、浙江、重庆等地关于生态环境损害赔偿磋商协议司法确认的相关做法,笔者建设性地提出:明确磋商协议的民事合同性质;磋商过程无需第三方组织参与;依据“最密切联系+影响大小”确定管辖法院;增加磋商协议司法确认的实质性审查;磋商协议司法确认的审查期限应延长;磋商协议司法确认前必须进行公示等观点。希望通过本文的研究不但可以解决目前生态环境损害赔偿磋商协议司法确认面临的问题,还希望借此研究,鼓励人们多关注生态环境保护议题,并从法律规范上给予其保驾护航。