协同创新问题正成为当代技术创新理论深化发展的一个学术前沿问题，也是我国提出增强自主创新能力的一项重要内容。然而，协同创新却是我国企业技术创新活动的一个薄弱环节，尤其在生物制药产业，国家对生物制药产业的发展给予了大力支持，高校、科研机构知识创新成果显著，可是将创新成果转化为产业生产力、实现生物制药产业竞争力水平整体提高的效率却难以令人满意。因此，深入探讨生物制药产业协同创新问题，不仅颇有理论意义，也极具实际价值。面对这个富于挑战性的问题，本文以生物制药产业创新联盟为研究对象，采用理论与实证相结合的研究方法，在总结国内外知识协同和产业联盟研究成果的基础上，结合生物制药产业创新特征，界定生物制药产业创新联盟知识协同的内涵，分析生物制药产业创新联盟的协同过程，进而对其知识协同过程的影响因素进行实证分析。通过对目前有关知识协同各种概念的比较、概括与提炼，提出了基于知识转移的过程视角定义了知识协同的概念。从主体、客体、环境三方面研究了生物制药产业创新联盟知识协同的构成要素，并构建生物制药产业创新联盟知识协同构成要素的作用模型。建立由知识转化机制、主体协同机制和协同保障机制构成的立体化协同实现机制和由准备、运行、协同实现形成的三阶段知识协同的过程模型。从知识协同的主体、客体和环境三个维度对影响生物制药产业创新联盟知识协同过程的影响因素进行分析，采用问卷调查法，收集相关数据，运用主成分分析方法，得出影响生物制药产业创新联盟知识协同的主要因子有四个，分别是：知识协同意愿、知识协同能力、知识的嵌默性、生物制药产业创新联盟内部的环境背景。其中：知识协同意愿、知识协同能力与生物制药产业创新联盟知识协同呈正相关关系；知识的嵌默性与生物制药产业创新联盟知识协同呈负相关关系；生物制药产业创新联盟知识协同的环境背景具体包括生物制药产业创新联盟内部的知识距离、地理距离和技术支持三个维度，知识距离和地理距离与生物制药产业创新联盟知识协同呈负相关关系，技术支持与生物制药产业创新联盟知识协同呈正相关关系。