国际贸易单一窗口是国际贸易便利化的重要举措。本文在介绍了单一窗口的概念后,对单一窗口跨部门合作机制进行了理论分析,指出单一窗口是一种新型的行政组织形式,具有降低费用、减轻企业和政府负担、提升政府工作效率和国际贸易通关效率等优势,可以视为行政服务中心的信息化版本。单一窗口跨部门合作机制对我国经济持续发展、融入全球经济一体化环境和深化政府行政体制改革具有重大意义。我国单一窗口于2014年初在中国(上海)自由贸易试验区启动试点,到2016年底已按工作方案完成三年建设任务,并于2017年初提出了到2020年的深化建设方案。在这个时间和形势下对单一窗口的研究很有必要。从整体治理视角来看,单一窗口是多个政府部门构成的整体政府的载体,打破原有的国际贸易环节海关、检验检疫、工商、税务、质量监督、商务部门、外汇管理等多个政府部门共同监管的“碎片化”管理模式,简化贸易商的通关手续,以政府整体服务质量和效能为目标。因而完善单一窗口跨部门合作机制是提升单一窗口效能的必经之路和有效手段。论文以上海自贸区单一窗口为例,通过实例分析和访谈的方法,评估单一窗口跨部门合作的现状以及困境,理论联系实际,针对单一窗口跨部门合作的横向广度不够、纵向深度不够、信任失灵、协调失灵、绩效评估缺失和距离顾客导向型目标差距明显等困境,从整体治理的视角,提出通过长效的推广机制、坚实的信任机制、有效的协调机制、顾客导向的评估反馈机制和完善的激励机制等,寻求完善上海自贸区单一窗口跨部门合作机制的路径。