农村商业银行在建立之初往往把“立足中小企业,服务本地经济”作为自己的经营战略,担负起发展地方经济、扶持中小企业的重任,对稳定区域经济、促进社会和谐发展起到了十分重要的作用。但是,由于我国银行体系的特殊性,四大国有商业银行占据了国内金融市场的绝大部分份额,因此,更多的专家学者是将研究的重点在国有商业银行上,而忽视了农村商业银行这样一个较为特殊的群体,而对农村商业银行基于风险管理的内部控制机制更加缺乏关注。事实上,由于农村商业银行外部环境的不完善和内在体制的不健全,导致其内部控制体系存在缺陷,其内部控制能力有待进一步加强。这不仅影响了农村商业银行自身的生存和发展,还对整个金融体系带来不稳定因素。加强内部控制建设,防范金融风险,成为农村信用社长期稳健运行的前提和基础。本文运用国内外较新的内部控制理论,以JY农村商业银行为案例,对农村商业银行的内部控制状况及其原因进行了分析,力图对农村商业银行的内部控制建设提出有益的指导。本文认为,建立健全农村商业银行内控机制,必须针对农村商业银行内部控制存在的问题,结合当前内部控制形势,坚持标本兼治、重在建设的思想,提出了完善内部控制环境、提高风险评估和识别能力、增强控制活动有效性、完善信息与交流渠道、建立健全监督体系等五个方面的内部控制建设对策。