FOXL2基因区域拷贝数变异与欣华鸡蛋用性状关联分析

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繁殖性能和蛋品质性状是蛋鸡重要的经济性状,对蛋鸡事业的生产和经济效益有重要的作用,同时也是蛋鸡育种工作者在品种选育和改良的过程中着重改良的性状。应用传统的数量遗传育种技术对蛋鸡繁殖性能和蛋品质性状的提高起到了不可估量的作用,但是现代分子生物学的快速发展和分子标记辅助选择(MAS)的出现和应用为这些性状的改良提供了新的方法。拷贝数变异是最近发现的一种新的基因组遗传结构变异,由于变异片段涉及范围广,其在整个基因组中覆盖的核苷酸总数比SNP的总数还要多。研究表明拷贝数变异(CopyNumberVariation,CNV)与人的身高和多种疾病发生有关,还影响猪的毛色、鸡的生长性状、冠形和快慢羽表型等多种生物性状。因此,CNV对鸡繁殖性状和蛋品质性状的影响以及它是否可以作为一种新型的分子标记在蛋鸡育种中使用也具有非常重要的研究意义。  本研究以湖北省欣华生态畜禽有限公司的隐性白羽矮脚欣华鸡专门化父本品系第三世代群体为试验材料,以FOXL2基因区域拷贝数变异位点(chr9:6728154bp-6747179bp)为候选位点,应用定量PCR技术检测该位点在群体中的拷贝数变异情况,并与开产日龄、长连产长度、250日龄产蛋量、蛋重、蛋形指数、蛋壳厚度、蛋壳强度、蛋壳颜色、蛋白重、蛋白比例、蛋黄重、蛋黄比例、哈氏单位、蛋黄颜色等蛋用性状进行关联分析。本研究主要研究结果如下:  (1)对目的位点和参考位点设计引物,利用浓度4倍梯度稀释样本进行定量PCR获得引物的扩增曲线,据此建立相应的标准曲线。PRLR引物标准曲线R2=0.990(r为0.995),扩增效率E=103.4%,斜率为-3.243;CNV位点引物标准曲线的R2=0.981(r为0.990),扩增效率E=96.9%,斜率为-3.398,均表现为良好的线性关系。  (2)运用定量PCR技术对欣华鸡E系第三代群体进行检测,以PRLR基因为单拷贝参考基因,根据公式CN=1×2-ΔΔCt分析数据计算位点的拷贝数变异。共检测到1、2、3、4四种拷贝数变异,其2-ΔΔCt值分布范围分别为0.50-1.49、1.50-2.49、2.51-3.46、3.51-4.39,个体数分别为282、170、19、10个。  (3)应用SPSS19.0软件中广义线性模型(GLM)程序进行基因型与欣华鸡开产日龄、长连产长度、250日龄产蛋量、蛋重等蛋性状间的关联分析,结果显示拷贝数变异位点与蛋黄重存在显著关联(P<0.05),拷贝数为3的个体蛋黄重显著高于1、2、4拷贝数个体。
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