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禽流感(Avian Influenza, AI)是由正粘病毒科A型流感病毒所引起的禽类的感染或疾病综合症。野生鸟类是禽流感病毒的自然宿主,水禽是自然界中低致病性禽流感病毒(LPAIV)主要的“基因池”。2006-2008年,本研究对上海地区野生鸟类开展了首次禽流感流行病学调查,通过对6目90种1674只次野生鸟类,总计3348份喉肛样本与1319份血清样本的检测,结果发现3目7种55只次鸟类携带禽流感病毒,平均感染率为3.29%,病毒阳性率前三物种：虎斑地鸫(33.3%)、斑嘴鸭(25.0%)和绿头鸭(12.5%)；雁形目病毒阳性率最高(7.79%),其次为鹤形目(3.70%)、雀形目(0.19%)。已确定的亚型中,H9与N2分别为主要的HA与NA亚型。90种野生鸟类中,检出27种鸟类携带禽流感抗体,病毒血清抗体(anti-M1)平均阳性率为18.3%,H5亚型血清抗体(anti-H5)平均阳性率为7.13%；禽流感抗体阳性率从高到低依次为鹤形目、雁形目、鹳形目和雀形目。对禽流感毒株基因的遗传进化分析显示,本研究中主要的野鸭源H9业型毒株,存在同HA亚型的共感染(多重感染)现象。其H9序列主要来源于家禽源BJ/1/94基因型与野鸟源Y-439基因型,野鸟感染BJ/1/94基因型与共感染及另一基因型(BJ/1/94基因型)的存在有密切关系。本研究的M基因序列分别列入3个遗传进化分支：其中8株属于欧亚鸟类分支,2株属于人类流感分支,余下25株与早期人类流感株同源性最高,其中23条独立成支与现今人流感分支并列于一个进化主支下。其中早期人流感M基因型占了66%,说明此M的基因型可能在家禽与野生鸟类中都有很好的适应性,因而在共感染过程中得到保留与大量复制。综上所述,越冬水禽为本地区禽流感病毒感染与传播的主要媒介。较高的病毒感染率、高风险的优势病毒亚型(H9N2)以及同HA亚型的共感染,为本地区野生鸟类禽流感病毒流行传播的主要特征。