药物分子与生物分子的相互作用是分子水平上研究药物构效关系及药物筛选的基础.测定形成的非共价复合物及其稳定性是研究药物与靶分子相互作用的关键.寡聚核苷酸与小分子的相互作用提供了包括抗癌、抗病毒及抗菌在内的大量治疗药物的作用机理.本论文选择合成了与SARS病毒和肿瘤相关的寡聚核苷酸靶分子,利用质谱高灵敏、专一性、快速、化学计量的特点,研究靶分子与临床上确有疗效的抗病毒、抗肿瘤中药中几大类化学成分的相互作用,探讨它们相互作用的规律,通过相互作用强度的比较,考察这些中药化学成分在抗病毒、抗肿瘤方面的可能活性.在单链寡聚核苷酸靶分子(RNA,DNA)与皂苷类化合物的相互作用的研究中,首先建立了区分皂苷类异构体的高分辨电喷雾质谱及多级串联质谱的分析方法,通过皂苷准分子离子在CID谱中产生的碎片离子,可以提供皂苷苷元、糖基类型、糖链的连接位点,为类似化合物的异构体的区分提供了一个简捷、灵敏、准确的分析方法.考察了实验条件对单链寡聚核苷酸靶分子(RNA,DNA)与中药化学成分相互作用的影响;在皂苷、黄酮类化合物与单链寡聚核苷酸靶分子的作用研究中,发现非共价作用强度的大小与苷元、糖链的结构有关,包括苷元的类型、羟基的数目、糖链的长短,以及糖链上甲基取代的位置.单链寡聚核苷酸靶分子与生物碱的相互作用研究表明,相互作用亲和力的大小与生物碱的碱性强弱有关,季胺型生物碱的作用最强,如巴马汀、药根碱、小檗碱与靶分子均生成了较强的非共价复合物.与苷类、内酯、酚类等成分的相互作用同样与其结构密切相关.双链DNA与生物碱类化合物的相互作用研究发现,它们与生物碱的作用强度与双链DNA的AT-碱基对富有或GC-碱基对富有有关,且复合物离子的CID断裂途径不同.生物碱化合物的结构不同,其作用强度存在较大差异.上述研究结果建立了核苷酸与中药化学成分相互作用研究的软电离质谱方法,利用该方法的研究结果,可以为中药活性成分的初步筛选提供一条可以借鉴的途径.