【摘 要】
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目的通过系统的生物信息学方法对基因表达谱进行综合分析,筛选阿尔茨海默病(AD)相关差异表达基因(DEGs),收集AD患者的血液、APP/PS1转基因小鼠及衰老小鼠的血液和海马样本进行验证,最终鉴定与AD和衰老相关的核心生物标志物,并探讨AD发生发展过程中DEGs的相关作用机制,为AD的早期诊断及治疗提供新的思路和靶点。方法从美国国立生物技术信息中心(NCBI)的基因表达数据库(GEO)中下载基因芯
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目的通过系统的生物信息学方法对基因表达谱进行综合分析,筛选阿尔茨海默病(AD)相关差异表达基因(DEGs),收集AD患者的血液、APP/PS1转基因小鼠及衰老小鼠的血液和海马样本进行验证,最终鉴定与AD和衰老相关的核心生物标志物,并探讨AD发生发展过程中DEGs的相关作用机制,为AD的早期诊断及治疗提供新的思路和靶点。方法从美国国立生物技术信息中心(NCBI)的基因表达数据库(GEO)中下载基因芯片数据集(GSE4226,GSE4227和GSE4229),利用GEO2R在线分析工具筛选AD和正常老年对照组(NECs)之间的DEGs。运用Venn分析获取共同DEGs。使用DAVID数据库对共同DEGs进行基因本体(GO)分析和KEGG通路富集分析。为了进一步研究关键基因和生物途径,收集临床AD患者的血液样本,进行实时荧光定量PCR(qPCR),鉴定出与基因数据库表达一致的DEGs。最后,通过行为学实验观察衰老小鼠的记忆障碍,并在APP/PS1转基因小鼠及衰老小鼠的血液和海马样本中进一步验证表达一致的共同DEGs。结果1.通过Venn分析获得24个共同DEGs,包括15个上调基因和9个下调基因。GO分析和KEGG通路富集分析发现共同DEGs在生物过程(BPs)、细胞成分(CCs)、分子功能(MFs)方面显著异常。2.AD患者的血液样本验证结果显示9个DEGs与数据库表达变化一致:与NECs 相比,RPL23 的表达明显上调,ACTG1、DDX5、RPS6KB2、ALDOA、NOL6、EFHD2、HERPUD1和PRRT1的表达明显下调,其中ACTG1和ALDOA的表达水平与MoCA评分呈正相关,RPS6KB2的表达水平则表现出明显的正相关趋势。3.Morris水迷宫实验中,与2月龄小鼠相比,24月龄小鼠的逃避潜伏期明显增加(age:F(1,85)=76.6400,p<0.0010;days:F(4,85)=7.5480,p<0.0010;age ×days:F(4,85)=4.8400,p=0.0015);2月龄小鼠的穿越平台次数、穿越第三象限距离占总距离百分比(%)和穿越第三象限时间占总时间百分比(%)比24月龄小鼠明显增加(p<0.0010;p<0.0010;p<0.0010)。另外,Y迷宫试验中24月龄小鼠的SA%比2月龄小鼠显著降低(p=0.0131;p=0.0200)。4.与对照组相比,APP/PS1转基因小鼠和衰老小鼠(24月龄)的血液样本中,RPL23 的表达没有明显变化,ACTG1、DDX5、RPS6KB2、ALDOA、NOL6、EFHD2、HERPUD1 和 PRRT1 的表达显著下调;海马中 RPL23、ACTG1、DDX5、RPS6KB2、ALDOA、NOL6、EFHD2、HERPUD1 和 PRRT1 的表达均显著下调。结论1.ACTG1、DDX5、RPS6KB2、ALDOA、NOL6、EFHD2、HERPUD1 和 PRRT1在AD患者血液以及AD小鼠和衰老小鼠的血液和海马中表达水平均下调。2.ACTG1、DDX5、RPS6KB2、ALDOA、NOL6、EFHD2、HERPUD1 和 PRRT1可作为AD病理研究的早期诊断生物标志物和潜在的靶向基因,尤其ACTG1和ALDOA的表达水平与AD的临床症状密切相关。
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