元代的三皇崇拜存在医药行业民间“宗祀”和“官祭”两种现象，表现为从“祀祭合一”到“祭祀分离”的过程。“宗祀”，主要指自宋金以降医家奉三皇为医祖，金后期出现“医学之专庙特祭”的医学文化现象。官祭，主要指元代政府、仿宣圣祭礼祭三皇。官祭最重礼制，三皇祭礼的变化反映了官祭主导权的更迭。所谓祀祭合一，指到元代中期以前，三皇崇拜由医家民间宗祀升格为元政府官祭乃至天下郡县通祀，三皇在官方祭礼中丧失了“圣帝明王”的名义，医家取得三皇祭祀主导权。所谓祭祀分离，指到明朝初年，三皇在官方祭礼中恢复了“圣帝明王”的名义，医家丧失三皇祭祀的主导权，但是三皇“宗祀”现象继续存在。 本文即拟以这两个互有重叠的过程为线索，着重探讨以下三个问题：一是溯医家“宗祀”三皇之源，解释医为什么会宗祀三皇；二是理清元代三皇官祭主导权的更迭，折射出在元代多元政治架构并立和多元文化共存的背景下，儒和医如何在政治生活中发挥影响力：三是试图以三皇祭祀为切入点，侧面反映儒生在元代为维护儒家在意识形态中的统治地位所做的努力。