近年来,随着人口、资源与环境等全球性失衡问题的出现,自然灾害频发、农田生态系统的抗逆性渐弱,农业生产越来越困难。新疆境内生态环境脆弱,绿洲生态环境面临严峻挑战,农田林网生态工程等规划启动、具体实施、稳步推进,有力促进了绿洲生产生态系统的平衡稳定。但随着农田规模化经营、条田整治、耕地置换等政策实施,加之农村区域经济的不尽合理发展,毁林毁草,开荒移地,以及农户经营思想的僵化和水资源的不尽合理配置,现有防护林体系的种种问题日渐迸发,防护效能不能满足经济、社会可持续发展的需求,农田林网生态工程可持续经营受到严重威胁。因而,系统评估并挖掘农田防护林可持续经营的制约因素成为当前迫切之需。本文以新疆玛纳斯县农田防护林的系列经营问题为研究对象。综合运用可持续发展理论、生态安全理论、农户行为理论等,理论与实践相结合、定性与定量分析相结合,首先从县域视角出发、评价县域内各个乡镇农田防护林经营稳定性的状态;然后从农户视角出发,通过对五个样本乡镇181户农户进行访谈和问卷调查,分析当前玛纳斯县农田防护林经营现状、特点以及可持续实现的制约因素,并采用Probit回归模型分析各个营林因子对玛纳斯县农田防护林可持续经营的影响,并在两者的基础上提出保障性对策:研究发现:玛纳斯县农田防护林断带现象严重、复层结构失宜、更新管护滞后,资源竞争激化,经营稳定性脆弱,结构稳定性稍有不足等系列问题。通过Probit回归分析发现营林意识、营林资源、林改政策、灾害因子、产出效益等在不同控制变量下均对农田防护林可持续经营产生影响。为了更好的促进玛纳斯县农田防护林的可持续经营,需要进一步提高农田防护林的功能与价值认知,建立营林监督责任制度;调整林网结构与经济树种比例,发展立体林业;进一步完善集体林权改革、水资源保障机制,扶持林业产业化经营;提高财政支持力度,拓宽农田防护林融资渠道;培养林业科技人员与推广技术,加强林业基层组织管理制度素质培训,以促进农田防护林可持续经营。