2008年中国海关颁布了《中华人民共和国海关进出境运输工具舱单管理办法》(以下简称新舱单管理办法),新的监管措施让中国航运业面临着巨大的挑战,对于船舶代理业来说,根据新的原始舱单申报流程设计出符合新舱单管理办法要求的申报方式就成为船舶代理业迫切需要解决的问题。本文将EDI电子商务理论引入到新舱单管理办法下原始舱单申报的研究中,从阐述EDI电子商务的特性、实施条件及它带给港口运输业的经济和社会效益出发,先介绍我国船舶代理原始舱单申报概况,然后通过对厦门联代新旧原始舱单申报流程的介绍、说明与对比,详细分析应用EDI电子商务调整原始舱单申报模式的必要性与可行性,接着以全球最大的航运公司——马士基航运的集装箱原始舱单EDI传输为例,详细说明厦门联代的集装箱原始舱单EDI传输模型,再接着用厦门联代马士基集装箱原始舱单主要数据申报模型实施结果论证集装箱原始舱单传输模型的可行性和合理性,最后根据厦门联代原始舱单EDI传输模型研究及实施厦门联代马士基集装箱原始舱单主要数据申报模型的经验,对企业实施EDI提出若干意见与建议。论文研究结果表明,通过自动化的EDI电子商务技术可以实现船东、联代、海关原始舱单申报系统的无缝对接,满足新舱单管理办法下船舶代理申报原始舱单的要求。