随着两岸直接三通的实现，两岸运输成本大为降低，两岸经贸合作也迎来了前所未有的发展机遇。不过，随着海峡两岸经贸关系的深入发展，双重征税问题日益凸显，特别是在个人所得税和企业所得税方面表现得尤为突出。企业和个人从各个领域中获得的所得形式涉及营业利润、投资所得、各种个人劳务报酬等，形式多样。由于大陆与台湾所得税税制不同，税收管辖权的行使也存在一定冲突，很容易造成跨两岸所得被大陆和台湾分别征税，形成对所得的双重征税。对于从事两岸生产经营活动的纳税人而言，这会加重其负担，影响其投资经营的积极性。在两岸交流不断扩大的背景下，避免对跨两个单独关税区的所得重复征税显得尤为重要。目前，海峡两岸官方均已通过相关法律规定将各自所得税法上有关境外所得税抵免制度参照适用于解决两岸间存在的所得重复征税的问题。然而，由于海峡两岸各自的所得税制度内在的差异，加上彼此之间缺乏合理有效的协调，以致各自单边的所得税抵免制度，在适用于消除海峡两岸间所得重复征税的问题上效果不甚理想。为适应海峡两岸经贸和人员交往步入新的蓬勃发展的形势，学界和民间关于台海两岸官方应实现类似内地与香港、澳门地区大程度额有关避免对所得的双重征税的协调安排的呼声日高，也陆续有一些学者提出了有关双边协调安排的框架设计和初步设想。但是，除政治因素外，两岸要通过双边协议安排的形式有效解决对所得双重征税的问题，首先要对海峡两岸双方有关所得税制和实践中的差异有清楚的认识，并且进一步认识到这种差异对消除双重征税的影响，才有可能通过一些修法途径和将来可能达成的双边安排中的协调措施解决问题。本文首先从海峡两岸税收管辖权的冲突和海峡两岸所得税税制的差异等方面分析了海峡两岸对所得双重征税的原因，并进一步探寻了其中更深层次的理论问题和目前实践中亟待解决的问题。通过对两岸双重征税问题原因、现状的分析，本文还对海峡两岸避免双重征税提出了意见和建议。通过对国际上已有的国际税收协定范本和内地与港澳的双边税收协定的比较分析以及实践中已存在的合作措施，得出相应的对策与意见。