国库集中支付改革是科研经费管理的一次重大变革,自实行以来取得了显著的成效,对科研预算单位财务管理起到了不可估量的作用。Y农科所是一个全额拨款的农业科研事业单位,随着国家对农业的重视不断增加,农业科研经费数量越来越多,经费来源也越来越广,而农业科研本身与其他领域相比,又有其自身的特殊性,所以研究国库集中支付改革面临的问题及对策对于农业科研事业单位意义重大。本文运用理论研究与实证研究相结合的方法,从国库集中支付制度的内容和运作模式入手,通过数据分析、比较分析和实地访谈等多种方法分析了Y农科所实行国库集中支付制度的现状、问题,并针对问题提出相应的策略和政策建议。本文共分为五章。第一章介绍了本文的研究背景、研究思路和研究方法；第二章阐述国库集中支付制度的背景及内容以及在农业科研管理中的应用；第三章是案例分析,以Y农科所为研究对象,分析Y农科所实行国库集中支付的现状及面临的问题,并且针对问题提出相应的策略和政策建议；最后是全文的研究结论和研究展望。通过研究,可以发现自2008年实行国库集中支付制度以来,在项目预算管理和科研经费管理方面的确取得了较为明显的成效,一方面规范了账户设置,提高了项目经费的使用效率；另一方面加大了政府对财政资金的监控力度,提高了项目经费收支的透明度,有效的遏制了“截留、挤占、挪用”国家项目资金的现象,使项目管理上升到了一个新的高地。然而机遇总是与挑战并存,我国目前的国库集中支付制度尚不完善,本文以Y农科所为代表,以点带面,分析了国库集中支付制度执行过程中对预算单位产生的困境,比如项目经费预算管理仍不规范；经费指标下达时间滞后；支付流程和审核流程过于繁琐；到账时间推迟以及网络平台风险犹存。本文在分析了面临困境的基础上继续探索,通过实地访谈法加强论证的有效性,并提出了针对困境的破解方案,比如：废除“增量预算法”,采用“零基预算法”的方式来进行预算管理；财务人员定期向所领导和科研人员提交项目经费月度进度表；财政部门年初将常用的项目支出先行下发到预算单位,以解决年初垫付资金、年底突击花钱的问题等。