抗生素是环境中广泛存在的污染物,在养殖水体和沉积物中检测出多种抗生素,甚至许多生物体组织（肝脏、血液、胰腺、肌肉）中也检测出抗生素残留。环境中残留的抗生素可以诱导抗生素抗性基因（Antibiotic resistance genes,ARGs）的产生。南美白对虾是我国重要的经济水产物种,其肠道中抗生素残留情况及肠道微生物中抗性基因组成的研究甚少。微塑料也是环境中大量存在的污染物,在养殖环境和生物体组织中检测出多种微塑料残留。环境中残留的微塑料可以吸附有机物和定殖微生物,是微生物相互作用的热点区域,对ARGs的增殖和扩散具有重要影响。然而,环境中微塑料和抗生素的交互作用对肠道微生物中抗性基因和肠道微生物群落结构的影响还不明确。因此,在本论文中,我们利用高效液相色谱串联质谱技术对南美白对虾肠道中残留的抗生素种类和含量进行了检测,利用高通量定量PCR技术对肠道微生物中抗性基因和可移动遗传元件（Mobile genetic elements,MGEs）的种类和丰度进行分析。结合相关性分析,研究南美白对虾肠道环境中ARGs和MGEs之间以及抗生素和抗性基因之间的相互作用关系。同时我们进行了微宇宙实验,模拟自然环境中微塑料和抗生素共同暴露对淡水鲤鱼（Cyprinus carpio）肠道微生物中抗性基因和肠道微生物群落结构的影响,利用方差分解分析研究肠道细菌群落和MGEs对ARGs变化的影响。本论文研究的主要结论如下:（1）采集了我国东南沿海地区12个典型养殖场的南美白对虾样品,对17种目标抗生素进行检测,共检测出14种,其中磺胺嘧啶、诺氟沙星和环丙沙星在所有采样点的南美白对虾肠道中均有检出;红霉素和甲氧苄啶仅在一个采样点有检出;氯霉素和氟苯尼考在部分采样点有检出,且检出浓度较高。高通量定量PCR的结果显示,所有采样点的南美白对虾肠道微生物中共检出114个ARGs和6个MGEs,部分抗性基因如sul1、sul2和flo R在所有采样点南美白对虾肠道微生物中被检出,且检出的相对丰度较高。部分可移动遗传元件如int I-1在所有采样点南美白对虾肠道微生物中被检出,且检出的相对丰度较高。不同采样点的南美白对虾肠道抗性基因的组成明显不同,且与肠道中残留的抗生素浓度有关。Pearson相关性分析表明,肠道微生物中的可移动遗传元件可能增加抗性基因在肠道环境中水平转移的风险,抗性基因不仅能被同类别的抗生素诱导产生,还可被不同类别的抗生素诱导产生。（2）聚氯乙烯微塑料和土霉素单独暴露未对淡水鲤鱼的生长产生明显影响,而共同暴露显著影响了鲤鱼的生长。聚氯乙烯微塑料单独暴露会增加抗性基因的丰度,这可能是因为微塑料是微生物相互作用的热点区域,增加了以微生物相互作用为基础的水平基因转移,从而增加了抗性基因的丰度。土霉素单独暴露会增加抗性基因的丰度,主要原因是土霉素能诱导抗性基因的产生。聚氯乙烯微塑料和土霉素共同暴露使得微塑料能吸附土霉素,进一步增加了抗性基因和可移动遗传元件的丰度,增加了抗性基因水平转移的风险。四环素类抗生素抗性基因的相对丰度在共同暴露条件下最高,达到0.58 copies/16s rRNA基因拷贝,表现出明显的共选择效应。聚氯乙烯微塑料和土霉素共同暴露会降低肠道微生物物种多样性和丰富度,显著影响肠道微生物群落组成,增加了梭杆菌门（Fusobacteria（45.9%））和厚壁菌门（Firmicutes（35.45%））微生物的相对丰度。方差分解分析表明,肠道细菌群落和MGEs对ARGs变化的解释率达到了83.18%。网络分析表明Leifsonia和Mycobacterium可能是大多数抗性基因和可移动遗传元件的潜在宿主。