杨梅(Morella rubra,旧称Myrica rubra)是杨梅科杨梅属亚热带常绿果树,主要分布在长江流域及以南地区,栽培历史悠久,形成了丰富的品种和品系。本研究基于iPBS和EST-SSR两种分子标记技术分析了浙江、江苏和福建等地区的杨梅主栽品种的遗传多样性和亲缘关系。主要研究内容和结果如下：1、从已报道的109个EST-SSR引物中筛选出21对高多态性引物,并从‘荸荠’杨梅转录组的UNIGENES序列中新筛选出62个EST-SSR位点,开发了17条高多态性EST-SSR引物。应用这38对引物对56份杨梅样品和一个云南杨梅(M. nana)进行扩增,共获得214个等位基因,平均每个SSR位点有6个等位基因,观测杂合度(Ho)平值为0.61；期望杂合度(He)的平均值为0.57；多态信息含量(PIC)平均值为0.56。2、优化了iPBS扩增体系,并从已报道的18条引物中筛选出8条多态性较好、扩增条带清晰的iPBS引物。应用这8条引物对35份杨梅样品和一个云南杨梅进行扩增,共获得67个条带,其中有54个为多态性条带,多态性百分率为81%；每条引物可扩增出5-12条条带,平均8.4条。3、利用38对EST-SSR引物对56份杨梅样品进行扩增,STRUCRURE结果显示将其划分为5个基因库,余姚白梅拥有独立的基因库,遗传来源较单一,从亲缘地理上来看,福建杨梅品种的基因来源单一,基因库独立,江苏地区多数品种与浙江北部品种的遗传背景相近；UPGMA聚类树将56份杨梅材料划分为两大群6个亚群,整体聚类结果与杨梅样品地理来源具有较高的相关性。利用8条iPBS引物对35份杨梅样品进行扩增,相似性系数(GS)在0.74-0.91之间,表现较密切的遗传关系,在GS为0.77处,可将35份杨梅划分为6个群；聚类结果与杨梅的地理来源没有相关性。两种标记结果均表明供试的杨梅个体不按照果实颜色聚类。由于iPBS标记数量有限,不太适合用于遗传多样性分析,但在品种鉴定方面具有区分性强等优势。