大熊猫（Ailuropoda melanoleuca）是我国特有的珍稀濒危动物和国家Ⅰ级重点保护的野生动物。我国从1953年开始了大熊猫的人工饲养工作,至2007年底,全世界圈养大熊猫总数为242只。为了了解圈养种群的现有遗传结构以及奠基者基因在现有圈养种群中的传递和分布情况,本文以国内最大的大熊猫圈养种群一四川卧龙中国保护大熊猫研究中心的101只个体（野外出生:22;圈养出生:79）为研究对象,采用7个微卫星位点和4个主要组织相容性复合体（MHC）座位,检测圈养种群中等位基因的多样性及分布频率,分析该种群受到奠基者效应影响的情况。主要研究结果如下:（1）采用7个微卫星DNA位点（Aime-3、Aime-5、Aime-10、Aime-11、Aime-13、Aime-14）进行群体检测所获得的相关参数如下:等位基因数量的均值为8.3（4-12）,且各位点多态信息含量（PIC）的均值为0.746（0.614-0.879）,表明种群具有较高的遗传多态性。与此同时,各位点的累计个体识别率（DP）和亲子鉴定概率分别达到了100%和99.99%,表明利用本文所选用的7个微卫星位点,可无误地识别卧龙中国保护大熊猫研究中心的每一只大熊猫个体,并进行可靠的亲子鉴定。（2）利用上述7个多态性微卫星位点,对卧龙中国保护大熊猫研究中心的圈养大熊猫进行了亲子鉴定,确定了24只个体的最大可能父本,置信度达到了95%,解决了种群谱系构建中的关键技术问题。（3）根据本文的亲子鉴定结果,以及2007年的大熊猫谱系,构建了卧龙中国保护大熊猫研究中心圈养大熊猫的谱系关系。据谱系关系可知,该种群的总奠基者数目虽为24只,但奠基者的贡献率却严重不均等,如谱系号为308（♂）的这只大熊猫,总共有多达58只后代,占种群后代总数的近50%,而有另外3只奠基者,其后代则仅为1只。鉴此,本文建议在对优势奠基者的后代繁殖数量加以限制的同时,迅速提高弱势奠基者后代的繁殖成功率,从而尽量使奠基者的遗传基因能够在种群中得以均衡分布,达到最大限度地保存奠基者遗传基因的目标。（4） 7个微卫星位点在种群的野生个体（n=22）和圈养个体（n=79）中,都发现了58个等位基因,平均等位基因数8.3个,未发现等位基因丢失现象,但经过20多年的繁殖,圈养种群中奠基者等位基因的分布频率已经发生了偏移,出现了两极分化现象。近交系数显示,有4只F₂代个体为近亲繁殖的后代,且其中的3只个体的父母,均是308（♂）的后代。由此表明了早期有效种群数少,且奠基者贡献率的不均衡,已带来了种群遗传结构不合理的问题。建议进一步完善圈养大熊猫的遗传管理谱系,并科学地制定年度的繁殖配对计划。（5） 4个Ⅱ类MHC基因的多态座位（DQA1、DQA2、DQB1、DRB3）在种群的野生个体（n=22）中共发现了23个等位基因,但在圈养的奠基个体（n=24）和整个圈养个体（n=79）中,仅分别发现了19个和18个等位基因。此结果与微卫星结果的不同之处在于:圈养种群在短期内便出现了严重的MHC等位基因丢失的情况。（6） MHC基因型分析发现,携带野生特有等位基因的个体,主要来自相岭山系,而卧龙中国保护大熊猫研究中心圈养种群的大熊猫,主要是邛崃山系和岷山山系的后代,因此,为丰富种群的遗传结构,建议从野外补充一些野生个体（特别是相岭、凉山的野生个体）参与种群的繁殖,从而增加卧龙中国保护大熊猫研究中心圈养大熊猫的基因多样性。