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目的:基于Ion Torrent PGM深度测序技术建立一种快速、敏感的乙型肝炎病毒(hepatitisB virus，HBV)突变定量检测方法，描述HBeAg阳性慢性乙型肝炎(chronic hepatitis B，CHB)患者HBV增强子Ⅱ(enhancerⅡ，EnhⅡ)、基本核心启动子(basal core promoter，BCP)、前C(precore，PC)区突变准种特征，明确HBV病毒变异与病毒和宿主因素间的关系，探讨干扰素序贯治疗过程中BCP突变动态演进模式及其对干扰素抗病毒治疗应答的影响。 方法:(1)构建深度测序标准品: 克隆测序筛选HBV BCP1762/1764和PC1896突变型和野生型参考质粒，将突变型和野生型参考质粒按比例（0％、0.1％、0.5％、1％、5％、10％、25％、50％和100％）混合，构建系列梯度的HBV突变标准品。 (2)构建深度测序文库: 巢式PCR扩增HBV EnhⅡ、BCP、PC区片段，PCR产物纯化，2100生物分析仪定量检测扩增子浓度，准备等摩尔比例的混合文库，构建测序模板，标准品及临床样本IonTorrent PGM深度测序。 (3)生物信息学分析HBV EnhⅡ、BCP和PC区突变位点及其突变率。 结果:(1)Ion Torrent PGM深度测序在1％-100％突变范围内具有较高的准确性(R2＞0.99)和重复性(SE＜1％)。 (2)HBV EnhⅡ、BCP和PC区12个突变位点的流行率达20％以上。其中，G1719T、T1753V、A1762T和G1764A与C基因型相关，而A1726C和A1752G/T与B基因型相关。15个核苷酸位点的突变引发了氨基酸改变。 (3)BCP A1762T/G1764A双突变常伴PC1896野生型或低频PC G1896A突变。 (4)高频BCP A1762T/G1764A突变(≥50％)与较低的HBeAg和HBsAg水平相关;PC G1896A突变(≥10％)与较高的ALT水平相关。 (5)干扰素序贯治疗过程中存在5种典型的BCP突变动态演进模式，并影响干扰素抗病毒治疗应答效果;研究提示BCP持续高频突变干扰素抗病毒治疗应答效果最差，BCP突变率逐渐下降应答效果较好。 结论:Ion Torrent PGM深度测序可准确定量检测HBV病毒变异，提供HBV感染过程中的相关临床信息，预测干扰素抗病毒治疗应答效果。