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以230份苦荞种质资源为材料,在三个播种环境中调查了籽粒黄酮含量、初花期、盛花期、株高、主茎分枝数、单株粒数、单株粒重、百粒质量、籽粒长、籽粒宽、籽粒长宽比、籽粒面积、籽粒直径、籽粒周长和籽粒产量等15个性状,并分析了这15个性状的遗传变异,研究了农艺性状对籽粒黄酮含量和籽粒产量的影响,筛选了籽粒黄酮含量和籽粒产量表现优异的苦荞种质,为高产优质苦荞的选育推荐基础材料。利用59对SSR引物分析了苦荞种质的遗传多样性、群体结构和连锁不平衡(LD)状况等,并且对调查性状进了关联分析。所得结果如下:1.苦荞种质籽粒黄酮含量和产量性状的变异分析除百粒质量、籽粒周长和籽粒宽外,播种环境对其他12个性状都产生了极其显著影响。籽粒黄酮含量在2018S、2018A和2019A三个环境中的变异范围基本保持一致,分别是1.37%~2.84%、1.12%~2.81%和1.08%~2.83%,变异系数分别为12.06%、13.27%和14.33%,为中等变异程度,说明苦荞种质的籽粒黄酮含量受环境变化的影响较小,比较稳定,有一定的改良空间。在三个环境中,审定品种的籽粒黄酮含量均显著高于地方品种和育种品系;黄色籽粒的苦荞种质黄酮含量显著低于褐色、灰色和黑色的苦荞种质,说明籽粒颜色对籽粒黄酮含量有一定影响。三个环境下,单株粒重、单株粒数和籽粒产量的变异均表现最大,变异系数介于15.24%~34.53%,说明这3个性状较其他产量性状改良空间更大;籽粒周长、粒直径、初花期和盛花期等4个性状变异最小,变异系数介于2.70%~6.92%,说明这4个性状遗传多样性丰富度低。2.农艺性状对苦荞种质籽粒黄酮含量和产量的影响三个环境中,籽粒黄酮含量与产量性状的相关性表现不一致,在2018A和2019A这两个秋播环境下,籽粒黄酮含量与籽粒直径、籽粒面积均呈显著正相关,且2018A中籽粒黄酮含量还与盛花期呈显著负相关。在三个环境中,籽粒产量均与株高、单株粒重、单株粒数呈极显著正相关,与籽粒面积呈显著正相关。主成分分析发现,所调查的15性状可浓缩为4个主要因子,即粒型因子、产量构成因子、花期因子和籽粒黄酮含量因子。基于所调查性状表型值的聚类分析发现,在三个环境中共筛选出8份是高籽粒黄酮含量苦荞种质,26份是高籽粒产量苦荞种质,这34份苦荞种质可用于高产优质苦荞培育的推荐材料。3.苦荞种质SSR标记遗传多样性分析利用59对目标条带清晰、多态性好的SSR引物分析了230份苦荞种质的基因型,共扩增出254个等位基因,平均每个SSR位点4.31个等位基因,2.72个有效等位基因;香农指数的均值为1.05,范围为0.04~2.09;固定系数的均值为0.02,范围为-0.74~0.73;引物多态性信息量的均值为0.51,范围为0.02~0.85,表明这个群体具有广泛的遗传变异。230份苦荞种质资源的遗传相似系数介于0.102~0.983之间,当遗传相似系数为0.650时,供试的230份苦荞种质被分为4个类群,种质之间有复杂的遗传关系。主坐标分析表明,这59对SSR引物能够有效区分供试苦荞种质。4.苦荞种质群体结构和LD的分析在230份苦荞种质中,总共检测到764对SSR位点(44.65%)存在显著的LD。该群体的2个亚群中(POP1和POP2)存在显著LD的位点分别占1.40%和12.45%,远远少于在全体材料检测到的数目,表明该群体可以用于关联分析。对于全体苦荞材料,所有SSR位点对之间的连锁不平衡系数(r~2)在0~0.984之间,平均值为0.128,表明本文供试苦荞种质的LD范围相对较小。5.SSR标记与苦荞籽粒黄酮含量及产量性状的关联分析在三个环境中,共检测到37个SSR标记与调查性状显著关联。其中有13个SSR标记不仅能够在两个或者两个以上环境中被重复检测到,而且能够同时与两个或者多个性状存在显著关联,分别为TatG-110、TatG-172、TatG-210、TatG-185、TatG-212、TatG-101、TatG-057、TatG-032、TatG-250、TatG-027、TatG-206、TatG-015、FtgGK-67。因此,后续可进一步验证这13个标记与性状的关联性,以用于分子标记辅助育种。