水稻表观遗传学相关基因受镉胁迫表达分析

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水稻是全球最重要的粮食作物,稻米是我国城乡居民赖以生存的主粮。镉对水稻生长影响表现在抑制水稻种子萌芽,根的生长,光合及呼吸作用,抑制抗氧化酶活性等。本研究镉胁迫对于水稻表观遗传学相关基因转录表达的影响。本文通过实验室转录组数据,研究中以水稻表观遗传学相关组蛋白甲基化转移酶,组蛋白去甲基化转移酶,组蛋白乙酰化转移酶,组蛋白去乙酰化酶,DNA甲基化转移酶,DNA去甲基化酶,RNA依赖的RNA聚合酶(RDR),染色质重塑因子,PcG蛋白基因为研究对象,观察到受镉胁迫下上述基因转录表达发生了变化。利用转录组数据分Shoot和Root两部分,对差异基因进行了分析,研究了Cd胁迫下基因的表达水平。以水稻及拟南芥表观遗传学相关基因构建了进化树,进行水稻基因染色体定位。对于差异基因启动子响应受非生物胁迫的顺式作用元件进行分析,发现它们对于非生物胁迫具有潜在的响应反应。通过转录组数据库根据p<0.05共找出15个差异基因,SDG725,CHR711,CHR717,CHR720,CHR727,CHR739,CHR745,JMJ713,JMJ715,HAC701,HAF701,Ros1b,Ros1c,DML3a,VEF701。通过半定量RT-PCR对15个差异基因进行了验证。结果表明,这些差异基因对于镉胁迫具有不同的响应水平。
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