随着经济社会的高速发展,以区域为单位的公共事务逐渐的突破了传统行政辖区的划分,旧有的以科层制为主的行政区划越来越不能够回应跨区域公共事务的管理。跨区域公共事务的复杂性、多变性和区域性等特征决定了在处理跨区域公共事物过程中各行政主体的相互依赖和协调合作。我国现阶段跨区域水污染治理的行政主体是政府,而且跨区域水污染治理涉及到多个地方政府以及上级政府与下级政府之间的关系。理顺各相关政府之间的关系对于跨区域水污染的治理有着特殊的含义。介于跨区域水污染治理不再以省、市、县为界限,但又不得不面临着传统行政壁垒的阻隔,各领域学者争相提供各种跨区域水污染治理的解决途径,试图克服传统行政体制带来的行政“碎片化”和属地原则的跨区域行政合作困境,本论文将在整体性治理理论的支持下以子牙河水污染的合作治理为例,分析当下中国跨区域水污染治理存在的困境及其原因,进而探寻解决的路径和方法。子牙河有着优越的地理位置和水文条件,但是近几年来由于人类活动逐年增多,对于子牙河的水污染也在不断的加深,造成了子牙河的严重污染且污染范围广泛和污染难以治愈,本文选取子牙河作为研究区域是因为:其一,子牙河污染严重,具有污染的代表性;其二,子牙河流域涉及到河北省、天津市和山西省等不同行政主体,包括直辖市和省级市等多辖区治理主体,具有府际关系研究的代表性;其三,子牙河处于环渤海经济带和京津冀经济圈周围,是我国最重要的经济中心之一,且区域内人口密集、经济发达及第二产业发展迅速。子牙河的水污染状况直接影响到该经济带的经济发展和生态平衡。其四,子牙河在我国的河流中是隶属于海河的一个不出名的水系,但是其污染在海河中属于最严重的水系之一,我国近几年针对大河大江的治理已经逐渐开始重视并形成一定的规模,但是对于子牙河这样的中小型河流还没有给予高度的重视,而子牙河的水污染的严重性不得不使各地方政府精诚合作共同实现水污染治理的终极目标。在整体性治理理论的分析构架的基础上,本文利用无缝隙政府理论、利益博弈理论和资源依赖理论等来分析子牙河水污染治理的府际合作。并试图从子牙河水污染合作治理中区域政策的制定和执行、资源结构的分配和纵向权力的调整等方面着手,详细阐述子牙河面临的困境以及整体性的解决路径。