农民专业合作社作为一种农业生产方式的创新,一种新的制度安排,它能够创造更大的经济利益,带动广大农民增收致富,促进农业产业化健康发展。特别是2007年《中华人民共和国农民专业合作社法》的颁布实施,我国农村专业合作事业进入快速发展时期,虽然在数量和规模上取得了巨大进展,但其发展质量却参差不齐,整体水平不高,未显示出明显的绩效优势,不规范现象也异常突出,大量合作社的章程表面上符合国家规定,但实际上是“挂羊头卖狗肉”,合作社合法性构建受到巨大阻碍,同时也严重影响合作社绩效的提高。因此,从规范、绩效两个方面研究合作社的治理机制,从而利于揭示合作社的发展现状,并发现不足之处。本文基于合法性与效率性理论,提出不同时期合作社的治理机制也有所不同,合作社的治理呈现出:初创期---“弱合法性,弱效率性”,成长期---“中合法性,中效率性”,成熟期---“强合法性,强效率性”。并针对接近初创期与接近成熟期合作社,构建了合法性与效率性的动态博弈模型,经过分析结果可知,初创期时合作社更偏向于效率性治理机制,发展期时普通合作社偏重效率性治理而示范类合作社则偏重合法性治理,成熟期时合作社则更注重两者的均衡发展。最后选取宜昌市晓曦红柑橘专业合作社进行案例研究,具体分析不同时期下合作社合法性与效率性的具体表现行为,在实践中验证本文论点以加强说服力。根据本文的研究结论,笔者提出了几点相关对策建议:一是加强合作社的规范化建设,严格按照法律规定和要求运作;二是加强合作社的激励机制建设,充分调动社员与管理者的积极性;三是加强合作社的品牌建设,组织声誉以及知名度得以提升;四是加强合作社的关系网建设,实现资源的有效配置;最后加强合作社的学习模仿机制建设,提高社会对组织认知度。