【摘 要】
：
目的结肠癌是世界范围内常见的造成死亡的恶性肿瘤之一。在真核生物中,N6-腺苷酸甲基化修饰（N6-methyladenosine,m6A）是最常见的可逆性mRNA修饰,在体内各种生物功能中起着至关重要的作用。m6A调控因子的异常表达和基因改变与肿瘤发生、癌细胞增殖、肿瘤微环境和肿瘤预后相关。本研究利用数据库的RNA-seq数据和结肠癌临床数据来探讨m6A甲基化与结肠癌的关系。方法利用各种R包对Gen
论文部分内容阅读
目的结肠癌是世界范围内常见的造成死亡的恶性肿瘤之一。在真核生物中,N6-腺苷酸甲基化修饰（N6-methyladenosine,m6A）是最常见的可逆性mRNA修饰,在体内各种生物功能中起着至关重要的作用。m6A调控因子的异常表达和基因改变与肿瘤发生、癌细胞增殖、肿瘤微环境和肿瘤预后相关。本研究利用数据库的RNA-seq数据和结肠癌临床数据来探讨m6A甲基化与结肠癌的关系。方法利用各种R包对Gene-Expression Omnibus（GEO）和the Cancer Genome Atlas（TCGA）数据库中公共基因表达数据和完整的临床注释信息进行解析。通过Quantitative Real-time PCR和western blot检测m6A调控因子在不同结肠癌细胞系和正常结肠细胞中的表达水平,通过划痕实验,检测m6A调控因子CBLL1敲低对HT26细胞迁移能力的影响。基于前面筛选出的7个m6A调控因子的表达水平,利用Consensus Cluster Plus package对患者进行分类。使用了CIBERSORT算法来量化免疫细胞的比例,在利用R package LIMMA将患者分组为m6A.cluster1-3,cluster Profiler R包对m6a相关基因进行基因注释富集分析。最后将训练集和测试集中的样本按照训练集中m6A风险评分的中值进行分组,绘制log-rank test的Kaplan-Meier生存曲线,构建预后模型。结果对TCGA数据库中正常和结肠癌样本21个m6A调控因子的mRNA表达水平进行研究。可以发现这21个m6A调控因子在结肠癌样本和正常样本中的表达存在差异。通过单因素Cox回归模型,我们揭示了21个m6A调控因子在结肠癌患者中的预后价值,其中CBLL1、ELAVL1、LRPPRC、RBM15B、YTHDF1、YTHDF2和ZC3H13与预后相关。基于这与预后相关的7个m6A调控因子的表达,将患者分成3种结肠癌分子亚型,m6A.cluster1-3。分析三种定义出的m6A修饰亚型显示,相对于m6A.cluster3,m6A.cluster1/2具有特别显著的生存优势。通过比较三组亚型中免疫细胞的组成和免疫检查点基因的表达差异,cluster3中CD4+T细胞和NK细胞较少,M2细胞较多,并且免疫检查点基因的表达在这三个分群中最高,提示m6A.cluster3患者在免疫治疗中更有可能产生免疫逃逸。进一步使用299个m6A表型相关的差异表达基因将患者划分为不同的基因组亚型,命名为m6Gene cluster1-3。在m6Agene cluster2中CD4+T细胞、浆细胞、NK细胞较少,M0/M2巨噬细胞较多,表明这类病人具有较差的抗肿瘤环境。并且大多数检查点基因在m6Gene.cluster2中的表达上调。最后,利用299个m6A相关基因和5个的临床信息,我们构建了一个预后模型,并对该模型进行验证,证明该模型可在临床上用于患者的预后。结论7个m6A调控因子（CBLL1、ELAVL1、LRPPRC、RBM15B、YTHDF1、YTHDF2和ZC3H13）与肿瘤发生、肿瘤微环境和肿瘤预后相关。基于299 m6A表型相关基因对三种亚型进行研究,其中一种亚型为免疫抑制型肿瘤,该亚型患者可能比其他亚型更适合免疫治疗。最后,利用m6A相关基因和临床信息,构建了一个预后模型,并对其进行检测,证明该预后模型可用于CRC病人临床治疗的预后。
其他文献
近十年来,随着城市化进程的高速发展,全面建成小康社会的时间越来越短,全国各地棚户区改造的进度都在逐渐加快。然而在各地棚户区改造项目实际实施的过程中,依旧暴露出诸多问题。拆迁改造工程庞大,周期长,并且面临棚户区居民的土地征收、安置保障、拆迁补偿、利益冲突等问题。本文从科学全面的角度出发,以A市动车小镇棚户区拆迁改造项目为研究对象,在结合实际的调查基础上总结了相关的理论资料和方法,通过建构风险模型与应
目的:探究应激反应标志物在预测胃癌患者发生术后感染性并发症中的价值并探索影响围手术期血红蛋白下降的因素。方法:回顾性分析在青岛大学附属市立医院普外科接受胃癌根治手术的患者,查阅病例搜集患者术前和术后第1、4、7天的临床资料,并计算反应机体炎症程度的指标（CAR、PLR、NLR）和血红蛋白下降值（ΔHb）。通过比较感染性并发症组与无感染性并发症组患者各项临床病理资料的差异,来分析胃癌术后感染与临床病
目的:本研究以初治鼻咽癌患者为研究对象,利用外显子测序技术及转录组学分析技术,分析参与鼻咽癌发生发展的基因改变及信号通路,为探寻鼻咽癌发生发展的机制及寻找新的治疗靶点提供理论基础。方法:将2017年9月至2019年9月在青岛大学附属医院肿瘤放疗科初次接受治疗的14例鼻咽癌患者纳入研究,所有患者均行鼻咽镜活检。获取所有患者FFEP切片及对应外周血,进行外显子基因测序。从GEO数据库下载了名为GSE1
目的探讨碳青霉烯类药物耐药的产酸克雷伯菌的耐药表型、耐药基因型、菌株同源性以及其移动元件介导的耐药机制,为预防和控制碳青霉烯类耐药菌株的传播提供循证依据。方法2013年2月至2019年9月期间,收集10家医院（滨州,聊城,莱芜,浙江,青岛,东营,郑州,济宁,深圳,天津）住院患者分离的24株非重复碳青霉烯类耐药的产酸克雷伯菌。采用生物梅里埃Vitek-2 Compact系统对收集的菌株进行重新鉴定和
目的华法林在房颤导管射频消融术后抗凝治疗中存在一些局限性,达比加群酯作为第二个被批准用于房颤抗凝治疗的药物,是房颤导管射频消融术后抗凝治疗的重要选择,目前国内外的研究相对比较少。本研究比较达比加群酯和华法林在房颤导管射频消融术后抗凝治疗中的治疗效果,为临床上选择抗凝治疗方案时提供理论依据。方法选取因阵发性房颤行导管射频消融术后抗凝治疗的80例患者,随机分为达比加群酯组和华法林组。所有患者均行导管射
背景:抑郁症是一种常见的精神疾病,且近年来的发病率不断增加。环境因素和遗传因素对抑郁症有一定程度的影响。但是,国内有关抑郁的全基因组关联分析（GWAS）的研究相对较少。因此,本研究的目的是探讨遗传因素对抑郁的影响程度,并利用GWAS研究探索与抑郁有关的基因单核苷酸多态性（SNPs）、基因及通路。方法:从青岛市双生子登记系统中选择符合纳入排除标准的成年双生子,研究对象的抑郁症状的得分情况通过老年抑郁
目的:探讨硬膜外阻滞复合自主呼吸下喉罩全麻用于小儿腹腔镜斜疝疝囊高位结扎手术的可行性与安全性,为小儿腔镜短小手术提供安全、有效、合理的麻醉方案。方法:选择2019年3月至2019年8月于我院行腹腔镜斜疝疝囊高位结扎手术的患儿40例。采用了随机的数字表方法将患儿分为对照组和观察组,对照组采用喉罩机械正压通气下全身麻醉,观察组采用硬膜外阻滞复合自主呼吸下喉罩全身麻醉,每组20例。通过比较两组患儿在麻醉
目的:由遗传、环境等多种因素引起的年龄相关性听力损失和认知功能下降是世界范围内的公共卫生挑战。已有研究显示听力损失和认知功能下降之间有共同的发病机制和遗传基础,且探讨听力和认知功能的联合遗传效应的研究较少。因此,本研究使用青岛市双生子样本开展双变量遗传分析,探讨听力和认知功能的遗传相关性,同时利用双变量全基因组关联分析寻找二者共有的遗传变异位点、基因和通路。方法:本研究选用359对青岛市双生子样本
偶氮酯类化合物最早是在天然产物和药物等生物活性大分子中发现的,随着化学水平的不断提高,它在有机合成领域成为了一类非常活跃的底物,在药物合成领域也是一类重要的药物中间体。下面我们简单介绍偶氮酯类化合物在有机化学领域中参与的化学反应。偶氮酯类化合物可以合成吲哚衍生物,构建含硫的季碳手性分子,合成具有轴手性的化合物,实现中心手性向轴手性的转化反应,作为多组分反应的一员来合成更为复杂的环骨架化合物。尽管在
目的本项研究旨在探究tRNA来源的小RNA（tRNA-derived small RNA,ts RNA）在主动脉夹层（Aortic dissection,AD）中对血管平滑肌细胞功能的调控作用及机制,为主动脉夹层的预防及治疗提供新的精准靶标。方法（1）经过文献查阅的方法,筛选到一条应激诱导RNA（tRNA-derived stress-induced RNA,tiRNA）,即5’tiRNA-Cys