刑事庭审法庭调查顺序设置的合理性一定程度上决定着事实认定程序的合理性。程序正义理论和宪法权利理论构成了刑事庭审法庭调查顺序的理论基础。我国相关法律中并没有规定合理的刑事庭审法庭调查顺序。由于深受苏联超职权主义观念影响,加之对诉讼效率过度重视,在法庭调查开始顺序、举证程序顺序以及质证程序顺序中均存在不合理之处。法庭调查开始顺序中的问题体现在被告人缺乏与公诉人宣读起诉书相对抗的开庭陈述、前置讯问被告人程序以及强制讯问被告人程序等几个方面。举证程序顺序中的问题体现在举证主体举证顺序不合理、证据出示顺序不合理以及辩方举证能力不足等几个方面。质证程序顺序中的问题体现在交叉询问的顺序不规范、辩方质证权难以实现以及质证与辩论界限不清等几个方面。针对法庭调查开始顺序中的问题,可以采取设置开场陈述程序、取消专门讯问被告人程序以及推进刑事被告人诉讼地位证人化改革的措施。针对举证程序顺序中的问题,通过重构举证主体举证顺序、改进证据出示顺序以及提高辩方举证能力等几个方面进行解决。针对质证程序顺序中的问题,通过改进交叉询问的顺序、改进证人出庭作证程序以及重置法庭辩论程序等方式进行解决。除此之外,完善刑事庭审法庭调顺序其他配套制度,即转变我国刑事诉讼法目的、规范法官证据调查权、贯彻直接言词原则等。