近年来,农产品地理标志作为我国发展优势特色农业和推动农业产业结构升级的有效途径,在我国的农业经济优化发展中发挥着重要的作用。随着《中华人民共和国政府与欧洲联盟地理标志保护与合作协定》的签订,更进一步对我国的农产品地理标志的法律保护工作推进提出了要求,对农产品地理标志进行完善的法律保护是我们对国内和国际社会保护要求的一种回应。目前,我国对于农产品地理标志的法律保护处于一种三轨并行的状态,即以《商标法》、《地理标志产品保护规定》、《农产品地理标志管理办法》为依托,对农产品地理标志形成一种综合性的保护。三套保护体系对于农产品地理标志的保护各有特色,但尚未在彼此间建立有机的联系。在综合性保护的现状下,看似能够对农产品地理标志形成多途径的救济,但在实践过程中却存在一系列问题。通过对现行法律进行梳理,结合实证研究及案例分析,发现保护过程中存在以下问题:保护过程中的重叠保护问题、司法救济路径不畅导致司法保护作用无法高效发挥、农产品地理标志使用过程中“公地悲剧”等问题频发。相对于域外一些国家来说,我国对于农产品地理标志保护工作开始时间较晚,对于保护方式的选择尚处于不断的摸索中。域外的农产品地理标志法律保护给我们提供的经验,即只有因地制宜、符合国情的农产品地理标志保护制度才是最为恰当的。立足于我国的保护现状,农产品地理标志的法律保护,需要立法、执法、司法以及主要利益相关者共同推进。在立法上,通过以专门法保护为主,商标法保护为辅的保护方式推动农产品地理标志保护工作的体系化。同时,充分发挥地方立法在农产品地理标志保护过程中的作用,使地方立法和国家层面的立法工作形成配合。在执法上,通过整合不同行政机关的执法力量,开展联合执法强化行政保护工作的协调性。在司法上,畅通我国农产品地理标志的司法救济途径,明确司法实践中有关问题的解决,发挥司法活动在农产品地理标志保护过程中的作用。对于利益相关者,应当通过利益共享机制的建立,推动其发挥在农产品地理标志保护过程中应有的作用。