检察机关自侦案件监督是指各级检察机关、法院、人大代表与常委会以及人民群众对由检察机关立案侦办的国家工作人员利用职权进行的各种犯罪案件，在案件的受理立案、侦办程序等各个司法环节的法律适用上进行法律监督，以确保自侦案件合法、公正的行为。检察机关自侦案件监督具有多重属性，既具有法律监督的性质，又具有内部管理的性质。通过对安徽合肥、芜湖及池州部分检察机关的调研，发现当前检察机关自侦案件的内部监督，在案件的初查阶段、立案阶段、侦查阶段及审查起诉阶段的法律规定或规章制度都或多或少的存在不够明确、不够细化等问题；在自侦案件的外部监督上，基于法治水平等因素的影响，监督主体的监督能力与监督力量还有待加强；对自侦案件进行的内外部监督中，外部监督往往具有滞后性，不能及时纠正违法违纪行为，内部监督的争议性则一直存在，因此，需要在现有内部监督的前提下，进一步强化对自侦案件证据的审查与监督。但由于立法过于笼统、原则，以及证据审查监督人员能力与意识的不足等，使得当前自侦案件监督中证据监督的作用未能充分发挥。针对存在的这些问题，在自侦案件内部监督上，应将初查阶段纳入刑事诉讼程序，建立配套的监督机制，完善、细化对自侦案件立案监督、侦查监及审查起诉阶段监督的法律法规与规章制度；在外部监督上，通过转变人大监督意识，完善监督途径，规范社会舆论，提升社会公众与新闻媒体法治意识，强化法院法治意识等措施；在对证据的审查监督方面，通过对证据客观性、关联性及合法性监督规则的完善与细化，不断完善检察机关自侦案件监督机制。