【摘 要】
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目的研究发现,TIPE2在多种肿瘤中表达异常,但TIPE2与肾透明细胞癌(Clear cell renal cell carcinoma,cc RCC)的关系尚不明确,本研究利用生物信息学分析和实验方法探究验证TIPE2与cc RCC关系及其可能的作用机制。方法⑴本研究从公共数据库中下载ccRCC患者TIPE2表达谱及患者相应的临床数据,运用网上在线数据库分析TIPE2在cc RCC组织中表达情况
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目的研究发现,TIPE2在多种肿瘤中表达异常,但TIPE2与肾透明细胞癌(Clear cell renal cell carcinoma,cc RCC)的关系尚不明确,本研究利用生物信息学分析和实验方法探究验证TIPE2与cc RCC关系及其可能的作用机制。方法⑴本研究从公共数据库中下载ccRCC患者TIPE2表达谱及患者相应的临床数据,运用网上在线数据库分析TIPE2在cc RCC组织中表达情况,并在临床样本中通过Western Blot和免疫组化实验验证TIPE2在cc RCC组织中表达情况;使用K-M生存曲线评估TIPE2表达对cc RCC总体生存率的影响。⑵通过相关性分析发掘与TIPE2相关的基因,并实验验证临床样本中与TIPE2相关基因EP3、EBI3在cc RCC中表达情况;利用GO、KEGG富集分析,探究TIPE2功能。⑶利用ssGESA算法评估每个ccRCC患者中免疫细胞浸润、免疫功能情况,并进一步评估TIPE2高、低表达组中免疫细胞、功能差异;通过ESTIMATE算法计算每个cc RCC肿瘤微环境的免疫分数和基质分数,并评估TIPE2高、低表达组在肿瘤微环境的差异。结果⑴TCGA数据库分析显示在ccRCC肿瘤组织的TIPE2表达水平高于正常组织(P<0.0001),与实验结果一致;cc RCC肿瘤组织中TIPE2高表达组的总体生存率低于低表达组(P=7.63e-03);且TIPE2高表达与肿瘤分期(P=0.0027)、病理分级(P=0.00042)成正相关。⑵利用相关性分析发掘与TIPE2正、负相关的基因,且Western Blot及免疫组化实验表明相关基因EP3、EBI3在cc RCC中表达情况与本研究分析结果相一致。TIPE2的GO和KEGG通路富集分析结果显示,在正相关的基因集中,GO富集的功能有T细胞活化、淋巴细胞活化的调节、白细胞活化的正向调控、对干扰素-γ的反应、T细胞受体复合体、质膜受体复合体、细胞因子受体激活、肽抗原结合等,KEGG通路富集有细胞因子-细胞因子受体相互作用、抗原提呈与处理、自然杀伤细胞介导的细胞毒性、Th17细胞分化、Th1和Th2细胞分化功能、JAK/STATs和NF-k B等通路;而在负相关基因集中,GO富集的功能有激素介导的信号通路、肽类激素的反应、类固醇激素受体活化、核受体活化等,KEGG通路富集有调节细胞骨架、Rap1信号通路、Erb B信号通路、Ras信号通路、雌激素信号通路、PI3K/AKT信号通路,MAPK信号通路和轴突导向等通路。⑶ssGESA和ESTIMATE分析结果显示:TIPE2改变了cc RCC肿瘤中免疫环境,影响了树突状细胞、B细胞、CD8+T细胞、巨噬细胞、自然杀伤细胞、中性粒细胞、辅助T细胞、Treg细胞等在肿瘤组织中的浸润;还可能通过抗原提呈过程、细胞因子活化、T细胞活动、干扰素反应等免疫通路发挥作用;TIPE2高表达组的免疫分数及基质分数均高于低表达组。结论⑴TIPE2表达增加与ccRCC患者的肿瘤进展、预后不良相关。⑵TIPE2可能是通过调控肿瘤中免疫细胞的浸润及免疫通路改变,参与cc RCC的发生、发展。
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