创新是经济增长的源泉，不论是对国家、区域还是企业，创新都是决定竞争优势的最重要因素。为了适应知识经济带来的挑战，提高我国的竞争能力，我国提出了建设创新型国家、提高自主创新能力的战略目标。随着社会、经济、技术的不断进步，创新越来越呈现出一种多主体相互复杂作用的特征，这推动了创新理论的不断演化，区域创新体系理论受到了人们的广泛重视。区域创新体系是由区域内多要素经由以根植性为特征的制度环境所形成的、有利于区域创新活动的系统，区域创新体系的运转效率取决于各要素之间的交互机制。创新从本质上来说是一种为顾客提供新价值的经济活动，正是这种本质决定了企业在区域创新体系中的主体地位。只有确立了企业的主体地位，区域创新体系内各要素才能在利益机制的诱导下，以企业为中枢开展创新活动，区域创新体系才可能是高效的。本文构建了区域创新体系结构图，建立了企业创新活动反馈因果结构模型，从理论上对企业在区域创新体系中的地位进行了分析。本文的一个重要视角是从区域创新绩效来研究企业的创新主体问题，本文将创新分为知识创造和知识应用两个阶段，建立了区域创新绩效评价的两阶段模型，运用DEA方法对我国各区域创新绩效进行了分析，发现我国大多数区域创新绩效差的原因在于应用知识转化成生产力的阶段，这说明了企业在这个过程中没有有效地发挥主导作用。本文进一步对企业在我国创新投入、创新执行、创新产出三方面的地位进行了评价，评价时不仅使用了常见的“相对指标”，还使用了“强度指标”。通过评价，我们发现企业在我国创新体系中的主体地位尚未形成，这在我国建设创新型国家中的进程中显然是应该重点解决的关键问题之一。企业创新主体地位的形成不仅取决于企业自身的努力，比如企业加大创新投入、强化创新管理等；还取决于企业外部因素的影响，市场竞争环境是否完备以及政府是否对企业创新活动提供了有效的支持都将对企业的创新活动乃至企业创新主体地位产生重要影响。基于此，本文分别从市场的、政府的、企业自身的三个方面对进一步完善企业创新主体地位进行了分析。从市场的角度来看，为更好地激发企业以获取经济利润为目的从事创新活动的意愿，为企业提供公平自由的竞争环境、更好地发挥“市场这支看不见的手”对企业经营活动的指导作用，必须要解决企业市场主体地位问题。本文从完善市场经济体制和健全现代企业制度两方面对此进行了论述。从政府的角度来看，要促进企业的创新活动就必须解决企业创新的外部性问题。本文从外部性理论入手，指出政府应对企业创新活动给予一定的支持。本文主要分析了专利制度和政府补贴对企业创新活动的影响，提出了完善专利制度、加大对企业创新活动资金支持、实施税收优惠政策以及政府采购政策等建议。从企业的角度来看，只有具备足够的创新能力才能有效开展创新活动。本文通过对企业创新能力内涵的分析，认为企业应加大创新投入、加强创新人才队伍建设、发挥供应链上各成员的作用、重视顾客需求和价值、采用合作创新模式来提升自身的创新能力。