税收优惠是指国家在税收方面给予纳税人和征税对象的各种优待的总称，是政府通过税收制度按照特定的政策目的，减轻纳税人税收负担的一种形式。为扶持我国军工企业发展，尽快提升国防武器装备现代化能力，经国务院批准，对军队、军工系统所属单位生产、销售、供应的货物以及一般工业企业生产销售的特定范围军品免征增值税。但在实际免税办理过程中，军工集团与一般工业企业的待遇和操作流程相差巨大。尤其是办理增值税免税手续方面，对一般工业企业的审查十分严格，条件相对苛刻。税制不公加剧了参与军品研发生产主体间的不平等竞争，违背了税收公平原则。本文仅以军工集团与中国科学院相关单位在办理军品科研生产合同增值税免税的相关程序为例进行讨论。首先，在第一章通过阅读前人专著、文献并结合笔者的理解阐述了税收公平原则的一般理论，明确了税收公平原则的基本含义及衡量标准。其次，在第二章主要讨论了军品免增值税的一般问题，包括军品免税制度的历史发展以及免税的正当性分析和军品免增值税的法律关系。再次，在第三章描述了军品免增值税的一般程序，详细对比了军工集团与中科院军品增值税免税的程序办理差异，并在第一章的理论基础上对免税政策差异化进行了公平性分析，得出当前军品免增值税政策违背税收公平性原则的结论。最后，在第四章分析了当前军品免增值税制度存在的问题及其不良后果，并提出军品免增值税制度的改革建议。