新疆位于我国西北部,是我国面积最大的省份,湖泊众多,气候环境多样。由于其地处偏远,部分地区环境恶劣,新疆湖泊虽储藏着巨大的微生物资源,关于其湖泊微生物多样性的报道却较少,且主要集中于对盐湖非培养微生物或者是嗜盐微生物的研究。本研究通过低温寡营养的培养方式对高山淡水湖喀纳斯湖、河流尾闾微咸水湖乌伦古湖以及高山盐湖阿牙克库木湖的湖水及土壤样品进行可培养细菌多样性分析。共分离获得326株细菌,其中从乌伦古湖土壤中获得75株细菌,分别属于31个属和43个种;三个湖泊水样中分离获得251株细菌,分别属于55个属及93个种。其中新分类单元菌株20株,包括从阿牙克库木湖分离得到的2个潜在新属。多样性指数表明阿牙克库木湖的可培养细菌多样性最高,其次是乌伦古湖,但其细菌丰富度不如喀纳斯湖。从纲和属的分类水平分析,喀纳斯湖和乌伦古湖湖水样品可培养细菌群落结构比较相似。本研究发现,三个湖泊水样中丰富度最好的是属是假单胞菌属、鞘氨醇盒菌属、短波单胞菌属。α-变形菌纲和γ-变形菌纲是三个湖泊的优势菌群,放线菌次之,厚壁菌门和拟杆菌门相对较少。对两株疑似新种进行多相分类学研究鉴定,确定其分类地位。经过表型特征、化学分类特征及基因型特征分析,分离自舟山近海土壤的菌株M3-13T被鉴定海杆菌属内的一个新种,并命名为解酪蛋白海杆菌（Marinobacter caseinilyticus）;分离自乌伦古湖湖水样品的菌株LK2115T被鉴定为鞘氨醇盒菌属内的一个新种,其多相分类学研究还有待进一步完善。通过以上研究,不仅了解了新疆三个湖泊的群落结构,丰富了微生物资源,而且阿牙克库木湖属于高海拔盐湖,该湖泊中的微生物可能具有独特的环境适应和生长代谢机制,有望为发现新的微生物功能和代谢途径做好铺垫。