生态补偿是当下生态环保建设的一个热门话题,越来越多的地区采取了生态补偿政策来实现生态和经济效益的提升。新安江流域生态补偿试点项目开创了全国跨省流域生态补偿的先例,并取得良好效益和示范作用。但是新安江试点项目在补偿效率上仍存在诸多不足,补偿标准有待改进。本文首先通过新安江试点项目的现状进行描述性统计分析,分别从生态效益和经济效益两方面提出补偿模式的成果以及存在的不足之处:补偿标准过低,上下游地区发展不平衡,水质达不到持续优化等问题。针对补偿模式存在的问题,建立贝叶斯网络模型,在基准模型的基础上提出双向动态补偿和链式补偿两种生态补偿模型。动态补偿模型即将水质进行分类,将对赌式补偿标准化为多层次的补偿标准,根据断面水质的不同范围,将得到不同程度的补偿或惩罚金额。链式补偿模型将补偿主客体进行细分,将整个新安江流域划分为多个区域,测定不同区域的水质分区域进行补偿,从而达到扩大补偿效果和政策影响力的目的。同时,通过贝叶斯网络进行概率模拟预测,得出不同补偿模式下黄山市所得补偿金额的模拟值。针对不同的补偿模型,进一步分析补偿效益的大小。这里主要对生态效益和经济效益进行分析。其中生态效益主要是针对水质改善的情况,主要涉及水质污染物浓度和污染物排放量;而经济效益不再是将GDP作为唯一评价指标,更重要的是绿色产业的发展,在不破坏生态环境的前提下维持经济高质量发展。以新安江为例,针对补偿的双向静态补偿模型、双向动态补偿模型和链式补偿模型,分别进行生态效益和经济效益的仿真模拟分析。采用回归和马尔科夫链蒙特卡洛方法（简称MCMC）,对三种不同补偿模式下的生态效益和经济效益进行数值模拟,得出链式补偿模型最有利于第三产业的发展,同时对农村人均收入的提高起到抑制作用。文章在最后提出针对流域生态补偿政策的一些建议,扩大补偿标准,拓宽补偿渠道等。