美以关系是一对举世闻名的不对称特殊关系，其特殊性表现在无约而盟、巨额援助以及默契的战略协作等方面，作为战后美国外交战略布局中最为重要的双边关系之一，美以特殊关系的成因错综复杂。其中，一些成因诞生于冷战时期并且具有典型的冷战时代烙印，而另一些成因及其效用虽产生于冷战时期但却一直存续至今。因此，美以特殊关系的成因问题虽以历史为基本支轴，但却存在着超越历史解释力的多种边角。学界对此也多有认识，然而迄今为止却少见对这一问题系统化和多层次研究的出现，这不得不说是一种遗憾。因此，将对相关史料的具体实证分析与国际关系领域著名的科学分析工具层次分析法有效结合起来，辅以变量控制和反事实推理等科学实验工具的逐次检验，则或许可以弥补类似遗憾，进而层次化、多角度的对这一重要问题做出合理且系统解答。在层次分析的视角下，美以特殊关系的一系列复杂成因条理化的分布在从宏观到微观的体系结构、国内政治以及决策者个人三个层次上，其中，在体系硬权力结构层面上，中东地区的深度地缘破碎性和权力分布的两极拮抗特征，导致了战后美国NSC47/2决策文件确定的“中东地区共同安全战略”在结构互动过程中灵活性的逐步丧失，致使美以特殊关系作为一个替代性方案登上历史舞台；而以色列强大和脆弱相结合的独特行为体特性，则为美以两国的外交互动赋予了能够捍卫利益与应当予以扶持，需要安全保障与必须给予迁就的一一对应关系，这种一一对应关系实际上深化了美以关系的特殊化烙印；在体系软权力结构层面上，美以两国相通的宗教文化和政治制度特性不仅为两国特殊关系打下了认同性基础，而且更为这种特殊关系赋予了文明扩张和文明普世的深远战略意义。在国内政治层面上，实力雄厚的美国犹太人社团通过政治、经济以及舆论渠道向美国对以外交政策施加的强烈影响是美以特殊关系得以形成的一个非决定性重要辅助因素；而以色列社会经济发展以及国家安全对美国援助的严重依赖缩小了其对美政策的选择余地，使得发展美以特殊关系逐渐成为以色列政府必须且唯一的外交努力方向。在决策者个人层面上，以色列建国早期，不同于强价值理性者利库德集团领导人，秉持现实主义工具理性的工党总理从本—古里安、夏洛特、艾希科尔到梅厄夫人的接力执政，对美以关系由战略冷淡到利益特殊化发展的保驾护航作用是一个不容忽视的因素。同时，以肯尼迪为代表美国决策者的亲以决策偏好也是美以特殊关系形成的一个不可否定的切实条件。总的来说，层次分析中三个层次上的一系列作用要素对美以特殊关系形成这一历史事件的影响是积极且方向一致的，因此可以认为美以特殊关系的出现是深刻且富有战略性的，而非暂时和战术性的一时之举。最后，本文通过变量控制中的求异检验，确认了在战略利益稳定的前提下,文化认同对美国与阿拉伯国家关系以及美国与以色列关系走向的具体作用；以及在文化认同一致的前提下具有差异性的战略利益契合度对不同时期美以关系的具体影响，进而得出了文化认同和战略利益在塑造国家间关系形态时具有同等重要、缺一不可且相互建构作用的结论，并以此推断美以特殊关系形成的根源在于文化认同和战略利益的联合作用和多维共鸣，而非文化认同或战略利益的单独作用和单维共鸣。同时，本文通过反事实推理，也检验和确认了以1956年苏伊士运河战争诱发的消极影响为代表的偶然直接因素对美以特殊关系从理想走向现实不可或缺的转化作用，继而得出预判和控制偶然变量是一国实现外交利益最大化的必要手段的结论。