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本研究以8个野生灵芝菌株和9个栽培菌株作为研究对象,通过形态学方法和分子标记方法,对它们的遗传多样性及亲缘关系展开分析,并构建各菌株的分子身份证,对保护灵芝菌种的知识产权、加强灵芝菌种的分类和鉴定具有理论意义。本文主要展开了以下工作：1)采用覆土栽培法进行栽培试验,对各菌株的菌丝体长势,子实体形态,产量,孢子形态等表型性状进行了观察分析,初步确定供试菌株为三个亲缘较近的种类。并且菌株GL-1、GL-2、GL-3、GL-5、GT、HZ和菌株SYLZ表现出较优良农艺性状,可以进行工厂化规模生产。菌株GL-4、GL-A、Han G、Tai-1、XLLZ和菌株JHHZ等子实体规整,芝型好,多丛生等特点可以用作观赏灵芝的栽培亲本。2)采用改良的CTAB法提取供试菌株的基因组DNA,进行ITS序列克隆、测序。通过序列比对,17个灵芝菌株的ITS序列长度均为546bp,菌株间ITS序列的长度无变异。灵芝菌株ITS区G+C含量在48.1%-50.6%。采用Neighbor-Joining法对17个灵芝菌株和GenBanK数据库中登录的7条相关序列进行聚类分析,所有菌株均与登录号为HQ235632的菌株处在一个分支,表明它们之间的遗传差异性较小,可以判定它们均为Ganoderma lucidum种。3)采用SSR分子标记对17个灵芝菌株进行遗传多样性分析。筛选出了20对能够有效鉴别菌种且鉴别能力较强的SSR引物。通过平均遗传相似系数和平均遗传距离的分析,得知野生灵芝菌株间的亲缘关系比较远,栽培灵芝菌株间的亲缘关系比较近。结合聚类分析和菌株特异性指数研究,野生组的遗传多样性要高于栽培组,遗传多样性更丰富,更具有资源开发的价值。4)应用软件ID Analysis1.0,在相似系数设为0.8,缺失引物百分比为0.05的情况下,筛选出9对引物的13个位点用于构建17个灵芝菌株的分子身份证。其中菌株GL-3、GL-4、GL-5、GL和HZ各检测出1个特异性条带,能够直接对它们用相应的引物进行鉴定。用这9对引物共同扩增同一品种,经电泳检测、照相得出各菌株特有的分子身份证图片,使菌株的特征数字化,可以直观有效的鉴定菌株。