大股东资金占用问题在我国资本市场上广泛存在，不仅不利于保护中小股东的利益，也阻碍了上市公司和资本市场的发展。资金占用现象在新三板市场上尤其突出，新三板市场作为我国多层次资本市场的重要组成部分，大股东资金占用问题一直是监管重点。本文以2014年至2015年新三板挂牌公司为研究样本，从大股东资金占用的普遍理论出发，结合新三板市场的特殊性，研究了公司治理因素、外部监督因素对新三板公司资金占用的影响。文章以新三板公司控股股东、实际控制人及其关联方资金占用的专项审计报告出发，整理了新三板公司占款的手工数据，实证分析得出结论:　　研究发现，在新三板市场上，外部审计监督机制以及券商督导机制对资金占用现象没有明显的抑制作用。管理层持股比例与资金占用现象显著负相关。管理层持股比例越大，发生资金占用的可能性越小，资金占用规模也越小。但管理层持股对非经营性资金占用现象没有明显的抑制作用。股票转让方式，定向增发等变量对公司的资金占用或非经营性资金占用有着显著影响。　　本文的结论丰富了大股东侵占挂牌公司利益的相关文献，尤其是对于新三板公司的市场监管具有实践意义。防范和解决大股东占款的问题，需要由全社会共同参与上市公司监管:挂牌公司应建立适度的股权制衡制度，形成合理的股权结构，完善公司治理。监管机构应加强公司的市场行为的监管，如定向增发。会计师事务所与主办券商需要分别发挥独立审计的监督能力和持续督导作用。