TBC1D15的Rab-GAP活性研究及其进化特点分析

来源 :浙江理工大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:qiang5656
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
TBC1D15(TBC domain family,member15)蛋白在物种间具有一个高度保守的TBC域(TBC domain),且影响其活性的关键精氨酸残基位点也高度保守。已有研究表明在小鼠及人中的TBC1D15与其他含有TBC domain的蛋白家族成员相似,都具有Rab-GAP活性,但鲨鱼中的TBC1D15研究较少,更未见对TBC1D15的Rab-GAP特异性的演变过程及关键氨基酸的改变对其Rab-GAP活性影响的相关研究。  本研究选择了鲨鱼(Shark),猪(Sus),鼠(Mus),人(Homo)几种不同物种的TBC1D15基因进行原核表达及其重组产物纯化,结果发现TBC1D15全长蛋白表达量低,尤其是鲨鱼中的TBC1D15容易断裂,得不到稳定的全长蛋白。将这四种物种的TBC1D15蛋白序列截短,得到不同物种的GAP(GTPase activating protein)蛋白截短序列,即决定TBC1D15蛋白Rab-GAP活性的关键序列。利用序列比对软件对Shark,Sus,Mus,Homo的TBC1D15-GAP氨基酸序列进行比对,分析其序列保守性。结果发现有五个位点的精氨酸残基在物种Sus,Mus,Homo中均高度保守,但在Shark-TBC1D15-GAP中这五个位点分别由G28、K45、K119、K122、K221氨基酸残基替代。将Shark-TBC1D15-GAP中的五个不同氨基酸残基全部突变为精氨酸残基,并将其他物种GAP中的该位点的精氨酸残基全部突变为对应鲨鱼中的G28、K45、K119、K122、K221氨基酸残基,通过研究不同物种TBC1D15-GAP突变前后Rab-GAP特异性的规律变化,分析这些氨基酸位点与TBC1D15进化是否存在关联。  对四种物种的TBC1D15全长及GAP氨基酸序列进行进化树分析发现,无论对于全长还是对GAP,物种Mus和Homo的亲缘关系较近,Shark与Sus以及Sus和Homo相互之间的亲缘关系较远。故选择相互间亲缘关系较远的Shark,Sus,Homo三个代表性物种的TBC1D15-GAP进行氨基酸突变及Rab-GAP特异性分析。  将Shark/Sus/Homo-TBC1B15-GAP及其突变体基因构建至pETduet-his-sumo载体上并原核表达纯化。同时表达纯化不同的底物Rab(Rab4/5/7/11)蛋白并浓缩,分别与Shark/Sus/Homo-TBC1B15-GAP及其突变体蛋白反应。首先进行了动力学实验,比较不同GAP蛋白催化Rab4/5/7/11蛋白水解GTP的速率,分析不同物种TBC1D15-GAP的Rab-GAP活性差异。结果发现,不同物种的TBC1D15-GAP在特定氨基酸位点突变之后,Rab-GAP活性有一定的变化。Shark-TBC1D15-GAP在将五个氨基酸位点G28、K45、K119、K122、K221同时突变为精氨酸残基之后,与野生型Sus-TBC1D15-GA的Rab-GAP活性情况相似。且Homo-TBC1D15-GAP在将五个精氨酸同时突变为对应于Shark-TBC1D15-GAP中的氨基酸残基后也与野生型Sus-TBC1D15-GAP活性情况相似。以上结果初步表明这些特定氨基酸位点对TBC1D15的Rab-GAP活性具有一定的影响。  进一步对六种GAP蛋白进行了Rab-GAP特异性分析,通过求水解过程中的kcat/Km,比较催化效率来判断所突变氨基酸位点对不同物种GAP蛋白的活性影响。结果发现,物种Sus和Homo的野生型GAP均对Rab11表现出最大的底物偏爱性,且对Rab11/5/4/7的催化效率依次由高到低,而Shark-TBC1D15-GAP野生型对Rab5具有较大的底物偏爱性,将氨基酸残基G28、K45、K119、K122、K221都突变为精氨酸残基后,也对Rab11有最大的底物偏爱性,与野生型Sus-TBC1D15-GAP,Homo-TBC1D15-GAP活性情况类似。进一步表明这些氨基酸残基可能与TBC1D15的物种进化有关。  本课题通过对不同物种TBC1D15-GAP及其突变体蛋白进行Rab-GAP动力学分析及特异性分析,初步验证了TBC1D15保守域中的五个特定氨基酸残基可能是TBC1D15进化过程中的关键氨基酸残基。随着物种的不断进化,TBC1D15-GAP的底物专一性逐渐偏向Rab11,推测可能与物种进化中对环境适应能力不断提高有关。
其他文献
氮氧化物(NOx)是造成酸雨、光化学烟雾以及雾霾等恶劣天气的重要元凶,已成为城市空气中的首要污染物。氨选择性催化还原(Selective CatalysisReduction,NH3-SCR)技术是去除NQx
期权组合市场风险度量模型作为金融衍生产品风险度量的一种有效的计量模型,近年来又取得了新的应用和发展。本文对期权组合市场风险度量模型发展动态进行了分析和述评,并对这些模型进行了归类总结。最后,提出了期权组合市场风险度量模型的展望。
  Objective: Bladder cancer can be imaged as a sustaining multistage course accumulating genetic and epigenetic changes.Moreover,plenty of studies uncovered t
会议
在广东出入境检验检疫局本年度五月份采购项目(项目名称:2017年广东出入境检验检疫局五月份采购项目)的竞标中,英威腾电源凭借过硬的产品质量,扎实高效的工作作风,卓越的运作
万菱国际中心写字楼万菱国际中心写字楼为甲级标准,楼高49层,备有中央服务系统设置,高科技智能化管理系统。开放式的办公空间,可弹性使用;室内光线充足,坐拥360度全方位景观
股票骗子,不知道诱惑多少人上当受骗,特别是采用了高科技手段之后,更是难以追踪犯罪痕迹。做股票虽然不是高科技,但是自己下工夫研究企业、研究技术是必需的功课。如果自己没
摘要:高考试题中的短文改错旨在通过阅读测试学生发现、判断、纠错的能力,来考查他们在句法、语法、惯用法及逻辑推理等方面的综合运用能力。  关键词:改错; 考查 要点;解题 ;思路  高考英语学科的考试题型中,短文改错属于第二卷的写作部分。写作是任何一种语言四项基本技能听、说、读、写中不可分割的一个重要部分,更是语言生成能力的重要表现形式。无论是早期的文章每行改错,还是现在的通篇改错,其宗旨都是考查考
  Objective: This study investigated the effect of resistant maltodextrin(RMD)on reproduction in streptozotocin(STZ)-induced type 2 diabetic male rats.Methods
会议
学位
  Objective: To recognize a novel and optimized combination of epigenetic biomarkers capable of returning higher sensitivity and specificity synergistically i
会议