股份合作制企业作为中国经济体制改革的制度变迁产物，它的迅速崛起，已成为推动我国国民经济增长的重要力量。然而，随着改革的进一步深化和企业自身的发展，股份合作制企业也表现出了其自身的体制劣势，尤其是治理结构模式存在运行效率低下的问题，从而束缚了企业的发展，这就需要我们进一步完善股份合作制企业的治理结构。论文首先说明了研究目的和意义，回顾了国内外关于企业治理结构及股份合作制企业的研究动态，介绍了股份合作制企业的理论研究成果，即股份合作制的内涵、股份合作制企业的定义、制度特征和发展趋势：人力资本股权化和人力资本参与治理。股份合作制企业作为公有制的实现形式，既是一种大胆的举措，也是一种艰难的探索，股份合作制企业把劳动联合和资本联合组成一体。股份合作制企业作为一种资本组织形式，相对于股份制企业来讲有更广泛的基础，作为一种劳动组织形式，既保持了合作制企业性质，又有利于经济民主的实现。接着，对股份合作制企业运行效率进行了分析，研究表明，影响股份合作制企业运行效率的因素有很多，其中，与产权制度有关的主要是劳动合同不完整，股份合作制企业运行存在优越性的同时，也存在着一定的局限性。随后，对股份合作制企业治理结构模式：家庭主导型治理模式、社会法人主导型治理模式和利益相关者共同治理模式进行了比较分析。然后，对股份合作制企业运行效率与治理模式、制衡机制、产权结构进行相关分析。从家庭主导型治理结构模式和社会法人主导型治理模式这两种企业治理结构模式缺陷的分析研究来看，其内部治理结构是相对有效的，而且企业自身也有积极性改善其内部治理结构。但企业的外部治理结构却是相对缺乏效率的，而利益相关者治理结构研究，目前，还仅仅是停留在理论上，真正应用于实践可能还有一段时间。为了提高股份合作制企业的运行效率，需要进一步完善企业治理机制，使股份合作制企业的产权结构更加合理化。论文最后，以荆州市为例，对股份合作制企业治理模式进行实证分析，包括股份合作制企业治理结构特点和小股东保护问题，从整体上来讲，荆州市股份合作制企业在一定程度上使资源配置得以改进和优化，社会经济获得较大发展。在全文分析的基础之上，提出了建立有效的股份合作制企业治理结构之对策：一是要选择适合于自己企业发展的治理模式；二是要完善我国上市公司的制衡机制；三是要构建独立董事与监事会关系的科学结构；四是要建立企业高级管理人员的激励与约束机制。