液态发酵过程中次级代谢产物生产水平与菌体生长及形态密切相关,其中,几丁质合成酶基因作为一种形态调控基因,可影响丝状真菌在液态发酵过程中的形态发育。然而,红曲霉中几丁质合成基因的功能注释及其对菌体生长发育、次级代谢产物的调控作用及分子机制等方面的研究尚且存在不足。基于此,本论文以紫色红曲霉LQ-6（Monascus purpureus LQ-6）为亲本菌株,通过全基因组测序、NCBI比对分析,挖掘几丁质合成酶基因家族;通过基因工程技术敲除几丁质合成酶基因chsⅥ,从而扰动几丁质合成途径,改变菌丝的形态发育,调控次级代谢产物的合成;并结合图像分析以及转录组学分析,初步阐明扰动几丁质合成调控红曲霉生长和次级代谢产物合成的分子机制。论文的主要研究结果有:1.chsⅥ重组菌株的构建以M.purpureus LQ-6为亲本菌株,通过全基因组测序、NCBI比对分析,挖掘得到7个几丁质合成酶基因,并通过氨基酸同源性分析、保守结构域、跨膜结构域以及蛋白结构比对分析确定Monascus 5162基因属于chsⅥ类几丁质合成酶。利用无缝克隆技术获得基因敲除载体pXS-5162和回补表达载体pBA-5162,并通过PEG介导原生质体转化法敲除Monascus 5162基因,获得4个转化子,经PCR及测序验证最终得到基因敲除菌株M A5162;之后利用PEG介导转化法将pBA-5162导入菌株Δ5162原生质体中,经验证获得回补表达菌株M purpureus cp:5162。2.chsⅥ对生长发育、菌体形态及次级代谢产物的调控作用考察了基因chsⅥ基因缺失菌株的菌落形态分析、菌丝形态发育分析以及生长代谢和细胞壁、胞膜的变化情况。缺失chsⅥ基因后,M.purpureus A5162突变菌株在PDA固体培养基上菌落直径几乎不受影响,气生菌丝短而稀疏,孢子萌发率降低,提高了对环境因素的敏感性。液态发酵过程中,chsⅥ基因的缺失明显改变了菌丝形态,顶端和侧分支均出现尖端肿胀现象,孢子囊减少。TEM分析及其细胞壁、胞膜生理特性分析显示,敲除chsⅥ基因后,几丁质含量先下降后上升,细胞壁、细胞膜结构破坏。液态深层发酵过程中,Δ5162菌株的红曲色素生物合成受到明显抑制,几乎没有桔霉素的产生;通透性增加,胞外色素的占比分别提升了 22%（YMPs-370 nm）、20%（YMPs-410 nm）、40%（RMPs-510 nm）;并探究了几丁质合成酶抑制剂多氧霉素B对M purpureus LQ-6的影响,发现在低浓度（50 mg/L）抑制剂存在的情况下可抑制红曲的生长,但总色素产量分别为55.45 U/mL（YMPs-370 nm）,63.60 U/mL（YMPs-410 nm）,61.90 U/mL（RMPs-510 nm）,相比亲本菌株 LQ-6,胞外色素的产量分别提高了 45.07%、64.60%、56.75%。3.转录组学分析转录组学测序结果显示,第4天和第7天的样本中M purpureus Δ5162分别有2664个（996个基因上调,1698个下调）和2495个基因（1894个上调,601个下调）在mRNA表达水平上具有显著差异（p＜0.05）。通过比较转录组分析发现,敲除chsⅥ基因后,与孢子发育和生长相关的信号通路,如MAPK信号通路、Ca2+依赖的信号通路、几丁质生物合成通路、laeA基因调控因子和WetA基因在发酵早期显著下调。此外,chsⅥ基因的缺失也会干扰发酵过程中的碳代谢、氨基酸代谢和脂质代谢,位于红曲霉色素和桔霉素生物合成簇的基因mRNA表达水平明显下调,尤其是位于桔霉素生物合成基因簇的表达水平。