恐怖主义势力的活动在全球范围内日益蔓延，美国9·11事件之后在中国—东盟地区也开始出现恐怖主义活动。东盟地区印尼的“亚齐运动”、菲律宾的“摩洛民族解放阵线”以及“东突组织”等恐怖活动组织者，开始在中国—东盟地区各国家制造恐怖活动（例如：菲律宾中国游客被绑架事件、中国“藏独”和“疆独”打砸抢烧事件等）。恐怖主义的威胁不仅在全球范围内愈演愈烈，而且在本地区开始星星点点的“燃起”。在当今国际关系格局中中国与东盟是其中具有影响力的重要组成部分，随着双方在经济发展和相互合作中的联系日益密切，政治、经济、文化等多领域的快速发展和日益繁荣都有了长远的发展。在反恐问题中双方国家和民众的安全是其共同的利益,所以需要在双方反恐中开展积极有效的反恐合作,在增进双方彼此了解的基础上，确立政治互信、经济合作以及更深层次的发展。在本地区反恐形势的需要和各国发展的需要中，本文以恐怖主义的相关概念、恐怖主义的现实问题和产生根源为理论研究的支撑，在此基础上深入分析了本地区恐怖主义的产生原因和现实问题。在中国—东盟地区反恐合作体系的构建中，本文认为需要从四方面进行反恐体系的构建，分别是建立反恐法律体系、阻断恐怖主义资金、强化反恐情报沟通以及延伸反恐合作机制。本文期望能够通过中国—东盟地区在反恐合作方面的理论研究，能够有助于在本地区各国间建立适合本地区基本情况、适应本地区反恐需求、适于在全球范围内推广的地区反恐新模式。