牛筋草（Eleusine indica （L.） Gaerth）为一年生禾本科穇属（Eleusine）植物，是我国农田重要的恶性杂草，具有顽强的生命力和繁殖力。本文应用微卫星方法对我国北京、河南、安徽、山东、浙江和广东六省市的18个牛筋草居群进行遗传多样性分析，对牛筋草适应能力以及分布发展潜力进行初探。本研究结果如下：一、利用L₁₆（4⁵）正交试验设计和单因素优化试验两种方法，获得牛筋草ISSR-PCR的最适反应体系为：模板DNA80ng，Mg²⁺1.75mmol/L，dNTP0.4mmol/L，引物0.3μmol/L，Taq DNA聚合酶1U，10×PCR Buffer2.5μL，最后用ddH2O补足至25μL。ISSR-PCR的扩增程序为：94℃预变性5min；94℃变性30s，退火30s，72℃延伸1min，35循环；72℃延伸10min。二、利用从30对引物中筛选出的14对多态性高、重复性好的ISSR引物，在18个居群中，扩增得到158条带，DNA片段大小分布在150²000bp之间，其中多态性条带146，多态性百分率为92.41％，每条引物扩增位点数为5¹7条不等，平均每对引物扩增14.6个位点。三、利用NTSYSpc2.10e生物软件对18个供试牛筋草居群进行分析。Jaccard遗传相似系数（GS）数分布在0.3125⁰.8750之间，遗传相似度最大为0.8750，分别为HS和ST，即来自河南商丘和山东泰安两地的牛筋草居群，显示出两地牛筋草基因交流频繁，遗传多样性水平较高。四、UPGMA聚类分析结果表明，在coefficient=0.546处，将其分为三个遗传类群，18个牛筋草居群分为3类，其中第一类为包括广东和浙江两省的牛筋草居群；第二类包括北京、河南和山东三省的牛筋草居群；第三类包括山东、河南和安徽三省的牛筋草居群。遗传距离与其分布的地理距离大体上具有一致性，尽管经历了除草剂的持续多代选择，仍然保持了较高的遗传多样性。