内河航运是水运交通的重要组成部分，其运行效率直接影响到交通运输行业的发展。内河航运具有涉及范围广、运输量大的特点，随着跨区域过闸船舶数量日益增多，内河航运压力逐渐增大，采用人工过闸登记方式不仅严重影响内河航运的运行效率，更易引起登记过程中身份认证的安全问题。为保障内河航运船舶跨区域身份认证安全、快速，本文分析内河航运的现状及其对安全性和实效性需求，结合国内外身份认证技术发展，确定本文研究内容和系统设计目标。身份认证是证实一个访问者身份是否有效的过程，是信息安全中主要的安全机制，可有效解决信息交互过程中的安全问题。通过对物联网技术、RFID技术、密码学技术、PKI技术、身份认证技术和单点登录技术的介绍和应用，分析身份认证模式和单点登录访问机制的应用条件，本文设计出一种跨区域船舶电子身份认证系统，并对其安全性和时效性进行研究。通过对跨区域船舶电子身份认证系统组成、结构、工作原理和工作流程的设计与分析，最终采用混合认证模式和RSA非对称加密算法来实现跨区域船舶电子身份认证过程。通过仿真实验，对本文提出系统的安全性和时效性进行了分析，该系统有效保障了跨区域过闸时船舶的身份信息安全，同时满足了认证过程对时效性的要求。