21世纪是生物的时代，各国都加大了生物领域的投入，生物制药产业是重中之重。我国也加大了对生物制药产业的投入，从“十五”期间的10亿的研发投入，到“十二五”期间的100亿投入，我国生物制药产业发展已被提升到了一个全新的高度。但与国外生物制药企业相比，我国生物制药企业由于研发投入不足，企业规模小等因素，造成企业技术效率低下。本文通过对我国生物制药企业的技术效率进行测算并对效率低下的原因进行分析，希望找出影响生物制药企业技术效率低下的原因及提高生物制药企业效率的方法和途径。本文以技术经济与项目管理等相关理论为基础，对国内外的生物制药企业研究现状和DEA、SFA方法应用情况进行了论述，并对DEA和SFA方法原理进行了详细的介绍。结合我国141家上市生物制药企业的实际，对我国生物制药企业的概况进行分析。以劳动、资本和知识存量为投入指标，主营业务收入为产出指标，用DEA和SFA的方法对我国20家上市生物制药企业的技术效率进行测算。对两种方法测算结果进行比较，得出DEA和SFA两种方法所得结果具有一致性。在此基础上，用SFA方法对影响企业技术效率的因素进行了分析，找出了影响企业效率的正面因素和负面因素。最后对改善生物制药企业技术效率提出了几点建议。分析得出，生物制药企业是高新技术企业，盲目地增加企业员工数量不能提高企业的主营业务收入；提高企业知识存量，扩大企业规模，有利于提高生物制药企业主营业务收入。对影响因素进行分析指出：新药和专利数、国有股比例、科研机构合作水平、融资能力、研发费用占主营业务比例和产业聚集度对提高企业技术效率有正的影响；研发人员比例、股权激励、企业家精神和能力对生物制药企业技术效率有不显著的负向影响。本研究不仅对生物制药企业的技术效率进行了测算和分析，还进一步证明了DEA和SFA方法在评价生物制药企业技术效率的合理性。同时还创新性的对影响技术效率定性因素进行了量化，为其他类型企业的技术效率评估提供了参考。