植物区系地理学主要研究区域内植被分类群的区系成分组成,及植物整体的多样性与区系性质。系统发育区系学在系统发育树的基础上,研究某一地区的系统发育特征,并探究植被组成与演变历史。本研究结合植物区系地理学与系统发育区系学对江苏地区种子植物区系展开研究。在资料收集与整理的基础上,结合重点区域调查记录,最终形成了13市95个区（县）的植物分布数据库,根据吴征镒等对科和属区系的划分,研究植被分类群的物种多样性与性质组成;通过聚类方法,将江苏地区划分为不同的地理单元;通过phylomatic建立系统发育树,在系统发育树的基础上,比较地理单元之间及不同生长类型（草本植物与木本植物）的系统发育多样性与系统发育结构。主要结果和结论如下:（1）江苏地区野生种子植物区系特征。通过资料收集与重点区域调查记录的方法,对江苏地区野生种子植物进行统计。结果显示江苏地区野生种子植物共有150科739属1934种,其中裸子植物3科5属6种,被子植物147科734属1928种。对科和属进行等级划分,研究区种子植物中寡种科与单种科占45.33%、20.67%;寡种属与单种属占42.22%与54.67%。江苏地区种子植物科与属的区系成分分析结果显示,科的区系类型共有13个,属的区系类型共有14个。在科的角度（非世界广布型,下同）,热带性质成分比例是58.42%,温带性质成分比例是27.72%,科的区系组成具有热带亲缘性;在属的角度,热带性质成分比例是38.38%,温带性质成分比例是59.63%,温带性质属占主导地位。研究区种子植物区系成分具有过渡性;植被组成较为复杂。（2）江苏地区地理单元划分。基于95个区（县）的植物分布数据进行地理单元聚类划分,聚类结果显示江苏地区被划分为4个地理单元,地理单元Ⅰ以常绿阔叶林为主,地理单元Ⅱ以落叶常绿阔叶混交林为主,地理单元Ⅲ与地理单元Ⅳ以落叶阔叶林为主。地理单元区域内物种多样性随纬度的上升而减少。依据吴征镒等对属地理成分的划分研究种的区系组成特征,比较4个地理单元种的区系组成变化。结果表明随着纬度的上升,世界广布型与温带性质型分布类型占比上升,热带性质分布类型占比下降。4个地理单元的森林类型差异较大;4个地理单元的植物区系组成变化明显,具有显著的过渡性。（3）江苏种子植物系统发育区系特征。基于phylomatic建立了系统发育树,研究了4个地理单元的系统发育区系特征,结果显示4个地理单元的系统发育多样性与物种多样性变化相似,随纬度的上升而降低。为排除物种数量对系统发育多样性的影响,对系统发育多样性进行标准化处理结果得到SES-PD值,地理单元Ⅰ与地理单元Ⅱ的SES-PD值更高,分别为-2.22与-3.35。根据NRI指数解释系统发育结构,地理单元Ⅰ的NRI值为-1.49,地理单元Ⅱ的NRI值为-0.38,这两个地理单元系统发育结构为离散型;地理单元Ⅲ的NRI值为1.88,地理单元Ⅳ的NRI值为2.25,这两个地理单元系统发育结构为聚集型。地理单元Ⅰ与地理单元Ⅱ内植被分类群更加的悠久古老、进化潜力较高;地理单元Ⅰ内物种间竞争最为激烈,地理单元Ⅳ内物种亲缘关系最近。（4）江苏地区木本与草本植物的系统发育区系特征。木本植物与草本植物是植被组成的主要部分,对木本植物与草本植物的系统发育特征进行研究,可以更好地理解植物分布格局。研究结果,4个地理单元中草本植物丰富度均远高于木本植物丰富度,木本植物与草本植物的物种丰富度与系统发育多样性均随纬度的上升而将下降。地理单元Ⅰ的木本植物与草本植物的SES-PD值最高,其中木本植物的SES-PD值为-2.34,草本植物的SES-PD值为-10.54。根据NRI指数解释系统发育结构,木本植物与草本植物的NRI值均不等于0,它们的组成结构不是随机形成的;所有地理单元中木本植物的NRI值小于0,系统发育结构为离散型;草本植物中仅有地理单元Ⅰ的NRI值大于0,系统发育结构为聚集型但并不显著,其余地理单元草本植物系统发育结构为离散型。地理单元Ⅰ木本植物与草本植物的植被组成更加古老,保留了更多的遗传信息;4个地理单元的木本植物与草本植物在系统发育树上的位置都分散,木本植物间的亲缘关系更远,草本植物间的亲缘关系较近。本研究对江苏地区种子植物系统发育区系学进行了分析,在聚类划分形成的4个地理单元中,地理单元Ⅰ与地理单元Ⅱ系统发育多样性高,此部分区域植被组成更加古老,并具有更高的进化潜力,其植物更具有保护价值与意义,建议在江苏地区自然保护地体系建设中应重点关注;各类型自然保护地的设计不仅要保护生物多样性热点地区,更要保护系统发育的多样性与完整性。本研究为区域植物与植被的保护提供了新思路。