泛长三角是我国高新区密度最高的区域之一。目前,该地区拥有国家级高新区的数量占全国的22.3%,近五年内设立的高新区占地区高新区总数的44.4%,高新区的经济规模、从业人员数、科技投入等指标也有极大的增长,对区域经济增长起到了至关重要的作用,但是,仍有部分高新区的运行效率不太理想。在我国经济发展越来越重视效率的今天,对泛长三角地区国家级高新区的运行效率进行研究具有重要的现实意义。本文综合运用DEA方法中的超效率模型和BCC模型,构建合理的投入产出指标体系,对泛长三角地区国家高新区的运行效率进行全面测度,并通过引入松弛变量,对运行无效的高新区进行了发展目标设定。为了对该地区高新区运行效率的变化趋势有一个清晰地认识,本文还结合了Malmquist指数分析法,对高新区运行的全要素效率及其分解值进行深入分析。另外,SWOT分析法也被应用到本文的案例研究中,并根据分析结果提出适合镇江高新区的发展策略。研究表明:(1)泛长三角地区国家级高新区的运行效率普遍不高,主要原因是大部分高新区规模效率太低,随着时间推移,高新区的发展趋于成熟,整体运行状况有所改善,但不同高新区还存在不一样的运行问题,大部分高新区还有很大的提升空间。另外,与我国另一个高新区密度较高的区域珠三角相比,泛长三角地区高新区的运行质量不如珠三角,这是泛长三角高新区纯技术效率相对偏低导致的。(2)从效率发展趋势看,泛长三角高新区的全要素效率逐年下降,这主要由技术的退步引起,而技术效率的逐年提高阻止了全要素效率的进一步下滑。从不同省份的角度出发,只有安徽省高新区的全要素效率在逐年提高,其余三省市全要素效率都处于下降状态。(3)作为近年来新成立高新区的典型代表,镇江高新区尽管在产业结构、经济发展、创新网络搭建等方面取得了一定的成就,但其运行效率依然很低。根据镇江高新区面临的优势,劣势,机遇和挑战,采取适合的发展策略将是镇江高新区未来发展的关键。