燕麦β-1,3-葡聚糖酶基因cDNA的克隆及生物信息学分析

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依据GenBank中β-1,3-葡聚糖酶基因的保守序列设计引物,通过反转录聚合酶链式反应(RT-PCR)和快速分离cDNA末端(RACE)技术扩增得到燕麦β-1,3-葡聚糖酶(Oglc13)基因全长。通过因特网数据及生物信息学分析工具进行初步分析表明,该cDNA全长由1191个碱基组成,包含一个1008bp组成的完整开放阅读框(ORF),终止密码子TGA,在起始密码上游有一个由49个碱基组成的5’非编码区;在终止密码下游有一个由121个碱基组成的3’非编码区,包括1个加poly(A)信号和一个长度为13个腺苷酸的poly(A)尾。 Oglc13推测的氨基酸序列与已发表的大麦、小麦、水稻、黑麦的β-1,3-葡聚糖酶氨基酸序列的同源性为70%-77%;Oglc13基因编码的蛋白是一种相对分子量为35479.30a、等电点为8.81的疏水跨膜蛋白,富含Ala、Val、Arg;二级结构有12个α螺旋、12个片层、22个无规卷曲,具有葡萄糖苷水解酶17家族成员的标签序列,定位于液泡。此基因的克隆,为深入研究Oglc13基因结构、表达和调节机制及其结构和功能的关系奠定了基础。
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