在中国,农村要改革,农民要增收,农业要发展,“三农”问题依然是解决中国农业经济发展的瓶颈问题,农业产业化经营是促进新农村建设和加快县域经济发展的动力之一,发展农业产业化经营的关键是农业企业的发展壮大,农业企业经营的好坏直接影响农业产业化的成效以及农业的整体质量和效益水平。基于目前我国农业企业内部绩效考评方法缺失,企业内部绩效水平不高的状况,作者在前人研究的基础上,力图找到科学评价农业企业内部绩效的方法和指标体系,得到与企业实际情况最接近的内部绩效水平和绩效改进目标。本研究以一般系统论、协同管理论、企业价值论和博弈论等理论为基础,紧密围绕研究的目的,具体分析了农业企业内部各经营流程的价值增值过程并进行了企业内部部门协同管理的机制研究,机制研究由协同管理的形成机制、实现机制和约束机制三个方面组成。通过问卷调查的方式,对评价农业企业内部绩效的指标体系进行修改、完善并获得企业经营管理的有效数据,其中,指标体系的完善是通过试调查的方式将已建立的指标体系进行修改、判定,并结合结构方程模型的验证实现的,企业经营方面的有效数据是通过直接访谈和问卷填写的方式获得的。将网络DEA方法与区间DEA方法集成,建立了可以评价带有区间数的具有多个关联子系统的企业整体绩效的有效评价方法,据此方法对被调查企业的内部绩效进行研究可以确切地得到各企业的内部绩效效率值的区间范围,区间效率值从最好和最坏的角度来衡量决策单元,因而能使人们更加准确地了解决策单元的有效性,并按照最小最大后悔值法对各企业的绩效水平排序。在对企业内部部门间协同管理的博弈分析的基础上,得到部门间协同管理的均衡。最后从企业和部门两个角度提出企业内部绩效改进的策略。研究结果表明企业内部各个子系统对于企业的整体发展有着直接的影响,因此企业在制定企业发展战略和企业制度时应该本着从各子系统的实际考虑的原则出发,发挥各个部门的积极性和主动性,从而促进整个企业的和谐发展。各个部门间协同管理的实现也不是一蹴而就的,由于部门间信息的不完全和各自利益的最大化,“说谎”行为是阻止部门间协同达成的障碍,伪装成本的大小是博弈均衡实现的关键要素。因此企业内部绩效的改进除了企业制定方针政策来保证企业内部的经营信息的共享外,还需要通过部门间有效信息的合理传递和信任关系的建立来实现。