杏和李为蔷薇科(Rosaceae)李属(Prunus L.)李亚属(Prunophora Neck.)植物,在我国种类丰富、分布广泛,是我国重要的传统栽培果树。由于自然变异、长期栽培驯化和种间杂交,李亚属分类群中分化出许多珍稀变异和过渡类型。部分特异类型已经被命名为新种,这使得李亚属植物分类系统变得复杂。同时,有关这些种的起源和分类界定问题还不清楚。更好地明晰李亚属种级分类群划分和系统进化关系以及栽培驯化群体间的遗传结构和种间基因渐渗,有利于理解李亚属植物遗传多样性,解决种质资源鉴定评价中的遗留问题,提高资源圃科学管理水平。本文在充分了解我国李亚属果树资源本底情况后,以普通杏(Prunus armeniaca L.)和中国李(Prunus salicina Lindl.)2个最主要的栽培种为主,同时涉及到李亚属19个相关近缘种。利用核基因组和叶绿体基因组两种不同遗传途径的分子标记或序列片段,对李亚属主要果树种质资源的种级分类群划分、种间基因渗透以及栽培群体的扩散与演化途径等方面进行了分析;然后,对利用DNA条形码候选序列构建李亚属快速分子鉴定体系的可行性进行了探讨。主要结果如下:1.利用22对锚定在核染色体上的SSR标记和20对叶绿体基因组上的SSR引物分别检测了李亚属19个物种159份种质资源的基因型。结果表明,在核基因组上李亚属不同物种间存在着较多的特有等位基因和明显的进化选择差异,其中第2、4、8条染色体上等位基因分化较大;李亚属的叶绿体基因组进化较为保守,仅在少数位点上发生较高的多态性变异,且这些变异主要发生在种级分类群或不同品种群之间。2.通过对核SSR和叶绿体SSR标记获得的等位基因变异及其亲缘关系分析,认为李梅杏(Prunus limeixing Zhang&Wang)是多地多次以中国李为母本与普通杏自然种间杂交产生的;紫杏(Prunus dasycarpa Ehrh.)是以樱桃李(Prunus cerasifera Ehrh.)为母本与普通杏自然种间杂交形成的;大扁杏(Prunus cathayana Fu et al.)是以普通杏为母本与山杏(Prunus sibirica L.)自然种间杂交形成的;杏李(Prunus simonii Carr.)是中国李的一个亚种或变种,它是从中国李华北品种群中长期栽培驯化形成的;政和杏(Prunus zhenghensis Zhang&Lu)与梅(Prunus mume Sieb.)的亲缘关系较近;李亚属多倍体种是以二倍体樱桃李为基础发展起来的,乌荆子李(Prunus insititia L.)与法国杏[P.brigantica(Vill.)Persoon.]可能是欧洲李(Prunus domestica L.)的变种,新疆野生欧洲李是由少数栽培欧洲李自然归化形成。3.通过不同栽培群体间的遗传结构分析和方差分析认为:在李亚属果树栽培驯化过程中,李、杏栽培品种群均以其初始驯化中心向其它不同栽培品种群扩散,在传播过程中与相邻近缘种间存在基因渐渗现象。中国李栽培驯化以南方品种群为中心向北扩散形成华北品种群与东北品种群,向日本、美国引种和改良后形成国外品种群。普通杏栽培驯化以西北品种群为中心向西扩散形成新疆品种群、中亚品种群、欧洲品种群,在国内扩散形成西南品种群、华南品种群、华北品种群和东北品种群。在栽培驯化过程中,东北李品种群渐渗有乌苏里李(Prunus ussuriensis Kov.&Kost.)基因或由乌苏里李直接形成并融入了中国李基因;东北杏品种群渐渗有辽杏(Prunus mandshurica Maxim.)基因;西南、东南杏品种群渐渗有梅基因。4.利用核ITS序列和叶绿体trnL-F序列分析李亚属不同物种间的保守性和特异性,结果表明:这2段不同来源的基因组序列在李亚属物种上遵循中性进化模型,适合于该亚属内不同种级分类群的系统发育关系研究。通过序列比较,找到美洲李(Prunus americana Marsh.)、加拿大李(Prunus nigra Ait.)、乌苏里李、樱桃李和法国杏特异的序列差异特征,但是仅凭ITS序列或trnL-F序列无法将李亚属所有种级分类群区分开。5.为筛选李亚属物种鉴定的最优DNA条形码,在李亚属19个种级分类群中分析比较了ITS1、ITS2、mat K、rbcL、trnH-psbA和trnL-F等DNA条形码热点候选序列的物种鉴定能力。结果表明,仅trnL-F候选DNA条形码序列的种间遗传距离均高于种内遗传距离;通过遗传差异和条形码间隙(barcoding gap)检验分析发现,仅有trnL-F+ITS1或trnL-F+ITS2序列在一定程度上能够鉴定李亚属植物。分析引起热点DNA条形码序列鉴定能力较低的原因可能是由于李亚属果树种质材料中存在着大量的自然种间杂交和基因渐渗现象。