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本文以五指山猪为研究对象，在分子水平上分别从微卫星多态性、生长激素基因和内源性逆转录病毒等方面对五指山猪种质特性进行了研究。主要结果如下：
1.利用多重荧光PCR和基因扫描对五指山猪30个微卫星进行分析，结果表明：五指山猪全群、核心群和4个近交家系的基因纯合率分别为44％、44.4％、45.9％、45.5％、45.0％和48.0％，各群体纯合率基本一致，具有一定的遗传纯度与稳定性，但总体上遗传分化程度不高，对近交选育群还需加大选育力度。
2.通过克隆测序，获得了五指山猪、屯昌猪、香猪和滇南小耳猪生长激素基因(GH)的全长序列，并与GenBank中的藏猪等8个品种GH基因序列进行了比对。
3.对202头五指山猪基因组DNA的内源性逆转录病毒检测结果表明：所有个体中均含有gag、pol基因和envB基因亚型，envA亚型仅有3头未发现，envC基因亚型检测出34头，检出率为16.8％，这说明五指山猪与国内小型猪一样，大部分个体不存在envC基因亚型。